Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAACAGTAAGACAAAGCATCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcgcttcacttcatagaatgattaatacgtgtacatggtgcatgtgagatgtttatttcttttgttgttcattgttcttgaatttgtgacctttttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g03460.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71861603|gb|DT010658.1|DT010658
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71859743|gb|DT008798.1|DT008798
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71857582|gb|DT006637.1|DT006637
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71859339|gb|DT008394.1|DT008394
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71864348|gb|DT013403.1|DT013403
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71859319|gb|DT008374.1|DT008374
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71864880|gb|DT013935.1|DT013935
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|32250210|gb|CD716029.1|CD716029
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71858976|gb|DT008031.1|DT008031
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71860850|gb|DT009905.1|DT009905
EST:     ATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: ATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71863788|gb|DT012843.1|DT012843
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71863133|gb|DT012188.1|DT012188
EST:     ATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: ATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71863496|gb|DT012551.1|DT012551
EST:     ATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: ATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71873064|gb|DT022119.1|DT022119
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|294965830|gb|GW837313.1|GW837313
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|110702369|gb|EE081005.1|EE081005
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|352781444|gb|FQ468288.1|FQ468288
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71855998|gb|DT005053.1|DT005053
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|71861658|gb|DT010713.1|DT010713
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTAGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|27580104|gb|CB002799.1|CB002799
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|352768395|gb|FQ469571.1|FQ469571
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
EST: gi|110710321|gb|EE086552.1|EE086552
EST:     TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTACTTCAAGGAGGAA                         GTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC
genomic: TCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcg ... acctttttagGTGGAATTCCTGGAATAAGATGGTCTGGGATAGATGGCGATGACAATATCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGAACAGTAAGACAAAGCATCCACAACTGCTTTATGAAGCAAAGTTATACAATCTTCTTCAAGGAGGAAgtatgagtcgcttcacttcatagaatgattaatacgtgtacatggtgcatgtgagatgtttatttcttttgttgttcattgttcttgaatttgtgacctttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA