Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTAGTTGCAAATTTGCAAAGGCAACAAGTCCACTCAAGGTTGATTGCTTCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatttatgctcaagattttcaaaacgggtgattttcattttctgattttcctctcggtaggtcggtttgagatgtctaatcattggcagcttga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0405g00020.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0405g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G022363_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AAGTAGTTGCAAATTTGCAAAGGCAACAAGTCCACTCAAGGTTGATTGCTTCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatttatgctcaagattttcaaaacgggtgattttcatt-ttctgattttcctctcggtag-gtcggtttgagatgtctaatcattggcagcttga
||||  | |||||||||||||||||| | ||  | ||||| ||| |||| ||||||||||| ||| | ||  | |||||| ||||| ||||||| || ||||||| ||| ||  |     ||  |||   ||   |  ||   || || | |  |   | | | | |  ||   ||    |   |     |  |||  |   
AAGTGATAGCAAATTTGCAAAGGCAAAAGGTTGATTCAAGATTGGTTGCCTCTGATTACTTAGAAACCAACTTGGATCTTTTGGATATTTTGATGTCTGGgtaag-tatctagtcgactaatgatcatctcgatggccttaagttgttttaacatggatatagatggcatcaagttattttacgtgcatgtgcgcacatat-

upper sequence: Vv10s0405g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G01370.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AAGTAGTTGCAAATTTGCAAAGGCAACAAGTCCACTCAAGGTTGATTGCTTCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatttatgctcaagattttcaaaacgggtgattttcattttctgattttcctctcggtaggtcggtttga-gatgtctaatcattggcagcttga
|||| ||||||||||| ||||||||||| || || |  | ||||||||| ||||||||| ||||    ||||| |||||||||||| |||||||    |||||||  |    ||    | | |||         ||||| |  || |   ||  |   |||    | | | |   | ||  |  ||| |||      || |
AAGTTGTTGCAAATTTACAAAGGCAACAGGTTCAGTTTAAGTTGATTGCATCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaacattggatgacacttttggtttct-tgattcttgttctagtatggtgaactcttctgcttgatcaaatgaactgaaataattttttttttta

upper sequence: Vv10s0405g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G12220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AAGTAGTTGCAAATTTGCAAAGGCAACAAGTCCACTCAAGGTTGATTGCTTCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatttatgctcaagattttcaaaacgggtgattttcattttctgattttcctctcggtaggtcggtttgagatgtctaatcattggcagcttga---
|||| ||||||||||| ||||||||||| || || |  | ||||||||| ||||||||| ||||    ||||| |||||||||||| |||||||    |||||||  |    ||    | | |||  |      ||||| |  | ||||  |   | |  |  |  ||  | | ||    |||  |  |||      |||   
AAGTTGTTGCAAATTTACAAAGGCAACAGGTTCAGTTTAAGTTGATTGCATCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaacattggatgacacttttgatttct-tgattct--tcttctagtaagctttgcaatcagtatggtggactcttcttctgcttgatcaaatgaata

upper sequence: Vv10s0405g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G47540.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
AAGTAGTTGCAAATTTGCAAAGGCAACAAGTCCACTCAAGGTTGATTGCTTCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatttatgctcaagattttcaaaacgggtgattttca--ttttctgatttt-----cctctcggtaggtcggtttgagatgtctaatcattggcagcttga
|||| ||||||||| | || |||||||| ||  | ||| ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||   ||||| ||   | | || | |  ||  |  ||     |  ||   |  |||||  | ||         | |  |   ||  ||| | |  | |     ||    |   | 
AAGTTGTTGCAAATCTACAGAGGCAACAGGTTAATTCACGGTTGATTGCTTCTGATTATTTAGAAGCCAACATTGATCTCATGGATGTTTTGATTGAAGGgtgagtcttgtgtgtt-actatcattgaagttattagttggtagtttttccaaattaagagataccacattttatcatttttatagctttccatgttttgtgtcag-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110709185|gb|EE084422.1|EE084422
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACCACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGANAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110718449|gb|EE095298.1|EE095298
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|161720393|gb|FC070185.1|FC070185
EST:     CTGATTACTTGGAAGCTAATATTTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGAC
genomic: CTGATTACTTGGAAGCTAATATT-GATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGAC
EST: gi|161714917|gb|FC064539.1|FC064539
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|161715770|gb|FC066174.1|FC066174
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110397538|gb|EC963286.1|EC963286
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110712226|gb|EE089603.1|EE089603
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|33403466|gb|CF209093.1|CF209093
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110722059|gb|EE097960.1|EE097960
EST:     CTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATTGGATGTTT-GATCTCAGG                         TTATGACCACACAGACCTGGCTTTTAC-TTATGGGGCCATGCTGAAAAGAA
genomic: CTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTAT-GGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTT-ACATTATGGTGCAATGCTGAGA-GAG
EST: gi|110699863|gb|EE077248.1|EE077248
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110381120|gb|EC946437.1|EC946437
EST:     TTTTGATCTCAGG                         TTAGGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110712662|gb|EE087902.1|EE087902
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTACAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
EST: gi|110696026|gb|EE074715.1|EE074715
EST:     TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGG                         TTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG
genomic: TCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatt ... gtttatttagTTATGACAACACAGACATGGCTTTACATTATGGTGCAATGCTGAGAGAGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGTAGTTGCAAATTTGCAAAGGCAACAAGTCCACTCAAGGTTGATTGCTTCTGATTACTTGGAAGCTAATATTGATCTTATGGATGTTTTGATCTCAGGgtaagctatttatgctcaagattttcaaaacgggtgattttcattttctgattttcctctcggtaggtcggtttgagatgtctaatcattggcagcttga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcctctc