1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
AGTTGTCGCAAAATGCCTCACAGGTCGTCCCAAGACGGTGGAGAAGTCGCAGGCGGTGTTTATGCTTTGGGTGGAGTTGGAGGCCGTGGATGTTTTTCTGgtacattttcttttaactagaaaaattgtgattgccacaccccactacttctcagaaaaaaataaaaatttcaaaaagagacaaacccagatagaggaaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv10s0116g00490.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCGGTGTTTATGCTTTGGGTGGAGTTGGAGGCCGTGGATGTTTTTCTG GATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCTEST: gi|34550714|gb|CF518932.1|CF518932
genomic: AGGCGGTGTTTATGCTTTGGGTGGAGTTGGAGGCCGTGGATGTTTTTCTGgtacattttc ... gtgactgtagGATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCT
EST: AGGCGGTGTTTATGCTTTGGGTGGAGTTGGAGGCCGTGGATGTTTTTCTG GATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCT
genomic: AGGCGGTGTTTATGCTTTGGGTGGAGTTGGAGGCCGTGGATGTTTTTCTGgtacattttc ... gtgactgtagGATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGTTGTCGCAAAATGCCTCACAGGTCGTCCCAAGACGGTGGAGAAGTCGCAGGCGGTGTTTATGCTTTGGGTGGAGTTGGAGGCCGTGGATGTTTTTCTGgtacattttcttttaactagaaaaattgtgattgccacaccccactacttctcagaaaaaaataaaaatttcaaaaagagacaaacccagatagaggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - accccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaggaa