Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCAATGCTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtcaaaccattgcatctggaaatgagaaatatatggctgttataaatctaataccatgctttgtgcttgacagcgttaagtttcttctcatat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0054g00010.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g51630.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TATCAATGCTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtcaaaccattgcatctggaaatgagaaatatatggctgttataaatctaataccatgctttgtgcttgacagcgttaagtttcttctcatat
||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||              |   ||||    |  | | |   |||| | | || |||  |   ||| |    | |  ||||| |||          
TATCAATGCCATGCACCCGAAGACCAGGAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGGCAGgt-gggtgtggttttcacaatcatttgaatgc---acgtgttgaaattatga-tatagtactgtcaattgaggaaaa-aatgttaattttgcag------

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TATCAATGCTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtcaaaccattgcatctggaaatgagaaatatatggctgttataaatctaataccatgctttgtgcttgacagcgttaagtttcttctcatat-----
||||||||| ||  |||| ||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||   |  ||||  | ||   |    |    | ||     |    ||  | | | | | | | |   | |||  |||    ||  ||| |  |     
TATCAATGCCATTGACCCTAAGACTAAGAAGATTCTCCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttcg-tgt---attattgtgtttgtgtagattagtcttttgatgaattggcataaactgctaggttgtttcaat-acaatgttgttattagtcttaggttaggt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161719010|gb|FC067630.1|FC067630
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|33408299|gb|CF213926.1|CF213926
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|351030969|gb|FQ439005.1|FQ439005
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110427908|gb|EC994363.1|EC994363
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110362548|gb|EC926091.1|EC926091
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|71865492|gb|DT014547.1|DT014547
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|77588453|gb|DV223438.1|DV223438
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110686521|gb|EE064257.1|EE064257
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|71870639|gb|DT019694.1|DT019694
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|33408211|gb|CF213838.1|CF213838
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|71873389|gb|DT022444.1|DT022444
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110362206|gb|EC925723.1|EC925723
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110360464|gb|EC923584.1|EC923584
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|161716946|gb|FC068826.1|FC068826
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110364696|gb|EC928138.1|EC928138
EST:     TATGCCCCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: TATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTT-GCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|71873570|gb|DT022625.1|DT022625
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|161719477|gb|FC067687.1|FC067687
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|71873637|gb|DT022692.1|DT022692
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110387232|gb|EC951884.1|EC951884
EST:     CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|161714799|gb|FC063247.1|FC063247
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
EST: gi|110365131|gb|EC928904.1|EC928904
EST:     CTATGCACCCAAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAG                         ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG
genomic: CTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtc ... ttgaatacagATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATCAATGCTATGCACCCGAAGACGAGAAAGATTTTGCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGgttagatgtcaaaccattgcatctggaaatgagaaatatatggctgttataaatctaataccatgctttgtgcttgacagcgttaagtttcttctcatat

- - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC