Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgtatcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctgatatatttaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g01460.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgt-gggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgtatcttaaatggttatgg--aatttacagtttgtagtatgctgatatatttaa
| ||||| || || ||||| || |||||| | || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||  | ||||   | |   |        |||  |      |  | |  |||||   |||   ||   | ||| | |   | ||  |||    | |||      |   |   
TTGAGCTCTACGCAGAGAAGGTGAACAACCGTGGCCTCTGCGCCATTGCCCAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcacttattccctacattgcacaacactgctatgttaatatgatgtgcatttcttagttgttgtagacttgtagtc---actatcacagcaggctcgg

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggt---atcaacgtttccaattttattgtcatattttcataa--tacagtgtatcttaaat---ggttatggaatttacagtttgt-agtat-gctgatatatttaa--------------------------
| ||| | ||||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |     |   | ||       ||||   | | | ||||| |  | || | |   || |||   | ||      || |    || | || || | || | |||                              
TTGAGTTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACAGGGGTCTGTGCGCCATTGCTCAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatgggttgccattcgtgtaattatgcccgtgtattcatcagttgcactttgatttgaatctagcttcccatgttaagtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacag

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacag-tgtatcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctgatatatttaa--------------------------------
||||| | || |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||  |||    || ||  |  | ||| ||   ||      | |   | ||||| |||  |    ||  | | ||   || |  ||| |   || | | | |                                
TGGAGTTGTACGCTGAGAAGGTTAACAACAGAGGTCTATGCGCTATTGCGCAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGgtccgtacttgcggttgaatgtgtatcgtggaatgacagaattgtgggtgtatgttatttccccatctattataagcttaggtgtaggtcaatttgtctcaactgacgtactttctatcctgtgtatttttag

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgtatcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctgatatatttaa-------------------------------------
||||| | || |||||||| || |||||| | ||||| || || ||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||     |    | || | || | | | ||    || | |     |   ||||||||| || |||| ||    ||||  ||  |  ||      ||                                     
TGGAGTTGTACGCTGAGAAGGTGAACAACCGTGGTCTGTGCGCTATTGCGCAAGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTTCTCGGAGGTCTTGCTGTACGCAGgtttgtgctt-ctacacaaaatatacttttaaatggcaattaaatttattcaattaaatggtaattgaatgtatgaattgttttagccaaattggaaaaaagggatactataagttcttgaacctgcggttttttag

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgtatcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctgatatatttaa-----------------------------------------------------
||||| | || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||  | || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||  |  |     ||   | || | ||||  ||   | |  |||     | | ||   ||  |   ||   |     | ||    ||   | ||  | ||                                                     
TGGAGTTGTACGCTGAGAAGGTGAACAACAGGGGTCTGTGTGCCATTGCCCAGGCCGAATCCTTGCGATACAAGCTCCTCGGAGGTCTTGCGGTTCGCAGgtttgcttttttattgg-atttgttttgttttaggattaggatattcattttatttcttgactccagaccctttcactggtgaagtgg-aaaatgctcaatgctggcttagggttttttttgctgatacgtattaaaaattgtggatttacag

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgt----atcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctga-tatatttaa-------------------------------
||||| | || || ||||| || |||||| | ||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||| || || || || || |||||||||||||| ||  |  ||| || | |    ||   |    | |  | ||  |  |    | ||| | |   || |   || || |   ||     ||| |   |||                                   
TGGAGTTGTACGCCGAGAAGGTGAACAACCGGGGTCTGTGCGCCATTGCCCAGGCTGAGTCGCTGCGATACAAACTCCTGGGTGGTCTCGCTGTTCGCAGgtgtgtgcct-cgtatctattagactttgtactaatccgcactattgcttgatcaccttgattttctacgaggttaactgcgcgttcagagctcagcgtatcgttctgatgtgctgatcttaaatctgaacgctag

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgtatcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctgat-atatttaa----------------------------------------------------
| ||| | || || || || ||||||||||| || || || |||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||||||||||| || |||||||  |   | | |   ||  ||| ||  ||  |||  | ||     |    | |  |||| | | |  ||||  | ||| | ||    | || || ||  |                                                    
TTGAGTTGTACGCGGAAAAGGTTAACAACAGGGGCCTGTGCGCCATTGCTCAGGCCGAGTCTTTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCCGTGCGCAGgttcgatgccaggacacctctttcatcttctaattcccgtagcggtggcgctgtgcaatgttcacgcgatttttacttttttgtccaataattattttcgatttcctctagtatgtttggttaatgaaattctgttttgggtggtggttacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71858369|gb|DT007424.1|DT007424
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|37189512|gb|CF608861.1|CF608861
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71859050|gb|DT008105.1|DT008105
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110362184|gb|EC925700.1|EC925700
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|77587480|gb|DV222899.1|DV222899
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110687019|gb|EE064061.1|EE064061
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110703210|gb|EE079857.1|EE079857
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|30126762|gb|CB912101.1|CB912101
EST:     TGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: TGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161709426|gb|FC059697.1|FC059697
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110361538|gb|EC925020.1|EC925020
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161721504|gb|FC070070.1|FC070070
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161707867|gb|FC056940.1|FC056940
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTC
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTC
EST: gi|110689519|gb|EE065813.1|EE065813
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161713092|gb|FC064279.1|FC064279
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71855755|gb|DT004810.1|DT004810
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATG
EST: gi|110367587|gb|EC931527.1|EC931527
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTTGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71872575|gb|DT021630.1|DT021630
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71858634|gb|DT007689.1|DT007689
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71857270|gb|DT006325.1|DT006325
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|33406072|gb|CF211699.1|CF211699
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110372712|gb|EC936899.1|EC936899
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161710820|gb|FC059430.1|FC059430
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110419119|gb|EC985321.1|EC985321
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71872925|gb|DT021980.1|DT021980
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71856225|gb|DT005280.1|DT005280
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71861764|gb|DT010819.1|DT010819
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|87585450|gb|DY474163.1|DY474163
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71864864|gb|DT013919.1|DT013919
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|352794640|gb|FQ475138.1|FQ475138
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71869646|gb|DT018701.1|DT018701
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|77582925|gb|DV220460.1|DV220460
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110362746|gb|EC926298.1|EC926298
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110389189|gb|EC954008.1|EC954008
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110692357|gb|EE071507.1|EE071507
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|34548015|gb|CF516247.1|CF516247
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71855075|gb|DT004130.1|DT004130
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGGAGATTCGGGATGGAGAGTGGAGCAAAGG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTG-AGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGG
EST: gi|37189418|gb|CF608767.1|CF608767
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71858363|gb|DT007418.1|DT007418
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|71855375|gb|DT004430.1|DT004430
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGCCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110365307|gb|EC928089.1|EC928089
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|294966521|gb|GW837656.1|GW837656
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110698923|gb|EE076973.1|EE076973
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161715927|gb|FC065510.1|FC065510
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110405776|gb|EC971326.1|EC971326
EST:     GTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: GTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|161713167|gb|FC064317.1|FC064317
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
EST: gi|110687222|gb|EE064445.1|EE064445
EST:     CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatca ... gctctgttagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGAGCTTTATGCTGAGAAAGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCACTACGTTACAAGCTTCTTGGAGGGCTTGCTGTTCGCAGgtgggtatcaacgtttccaattttattgtcatattttcataatacagtgtatcttaaatggttatggaatttacagtttgtagtatgctgatatatttaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT