1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCTAGAGGGTTGAAGAAACATTTGAAGAGGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaatgaaaaataataaaccatgaagcctgattggttttcctatgctgttttcctgttatctagttgtagtgtttttatttttctattattttttgggtgcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0058g00390.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110380109|gb|EC945352.1|EC945352
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110727191|gb|EE103670.1|EE103670
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|161714436|gb|FC064435.1|FC064435
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|349830589|gb|FQ416887.1|FQ416887
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|37188096|gb|CF607447.1|CF607447
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|161714548|gb|FC063544.1|FC063544
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|161719924|gb|FC065787.1|FC065787
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|351017691|gb|FQ436044.1|FQ436044
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|37184024|gb|CF603378.1|CF603378
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|352795435|gb|FQ476550.1|FQ476550
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110688704|gb|EE067560.1|EE067560
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110374495|gb|EC939285.1|EC939285
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: CATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110698624|gb|EE076338.1|EE076338
genomic: CATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110710513|gb|EE086912.1|EE086912
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|71868661|gb|DT017716.1|DT017716
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|351034241|gb|FQ448038.1|FQ448038
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110690211|gb|EE067114.1|EE067114
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|161717451|gb|FC069225.1|FC069225
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|33405551|gb|CF211178.1|CF211178
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|33408549|gb|CF214176.1|CF214176
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|351018729|gb|FQ425631.1|FQ425631
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|161718530|gb|FC065367.1|FC065367
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|349832530|gb|FQ421091.1|FQ421091
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTGEST: gi|110688682|gb|EE067514.1|EE067514
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
EST: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTT GCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
genomic: GGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaat ... ttgggtgcagGCACCCAAGCCATCGTCTGGACCACATAAATCCAGGGAATGCTTGCCCTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTAGAGGGTTGAAGAAACATTTGAAGAGGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTTGGAGGTGCATTTgtaagtcaatgaaaaataataaaccatgaagcctgattggttttcctatgctgttttcctgttatctagttgtagtgtttttatttttctattattttttgggtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG