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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTTTTTGGATTTGCTATTGCCATTTGGCCCGTCCATCTGCTTTGCCTAGCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacatttgaatctttctgtgcattttctttcttgtctaattaatgatattttttattccttatttttcacttcctttttattacataattatcttcagaagctaaaatgtatgaaattcaaccctagattgtggttaacctgaatgaaatttcttatgtgtcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07290.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G08010.3 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGGTTTTTGGATTTGCTATTGCCATTTGGCCCGTCCATCTGCTTTGCCTAGCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacatttgaatctttctgtgcattttctttcttgtctaattaatgatattttttattccttatttttcacttcctttttattacataattatcttcagaagctaaaa-tgtatgaaattcaaccctagattgtggttaac---ctgaatgaaatttcttatgtgtcag
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AGGATTTTGGGTCTGCTACTGCCATCTTGCTCGTCCTGCTTCTTTACCTAGTCCAACAGATTTGCACCTTTTCAAGGAAGGAATCCGTCCTCTATGGGAGgtagatacttaaaagtagtagctgaagttgcattttct-tgccgattgagaatttataagc----tgttccaattttttgagggggtgggggagggtgaaaagggggaaggtgtgtcgtatcgatcttttaattttcattgacacactgcatgattgtttttctgaag---

upper sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G27010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGGTTTTTGGATTTGCTATTGCCATTTGGCCCGTCCATCTGCTTTGCCTAGCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacatttgaatctttctg-tgcattttctttcttgtctaattaatgatattttttattccttatttttcacttcctttttattacataattatcttcagaagctaaaatgtatgaaattcaa----ccctagattgtggttaac---ctgaatgaaatttcttatgtgtcag
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AGGATTTTGGGTCTGCTACTGCCATCTTGCTCGTCCCGCTTCTTTACCTAGTCCAACAGATTTGCACCTTTTCAAGGAAGGAATCCGTCCTCTATGGGAGgtagatacttaaaagtagtagctgaagttgcatttcttgctgattgagaat-----ttataagctgttcctatttttctagggggtgggggagggag---agaagggggaaggtgtatcctttagatatcttttaattttcactgacacactgcatgattattcttctgaag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22010406|gb|BQ795440.1|BQ795440
EST:     TTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: TTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|27584274|gb|CB006969.1|CB006969
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110707560|gb|EE084097.1|EE084097
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110392292|gb|EC957611.1|EC957611
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|18458812|gb|BM437090.1|BM437090
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|71868753|gb|DT017808.1|DT017808
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|77578922|gb|DV218274.1|DV218274
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|32271452|gb|CD720611.1|CD720611
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|32271176|gb|CD720335.1|CD720335
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|71887970|gb|DT037025.1|DT037025
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|161706472|gb|FC054993.1|FC054993
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|37184327|gb|CF603681.1|CF603681
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|71874537|gb|DT023592.1|DT023592
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|71871671|gb|DT020726.1|DT020726
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|110715382|gb|EE093367.1|EE093367
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|110412503|gb|EC978253.1|EC978253
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110703618|gb|EE080622.1|EE080622
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|33410042|gb|CF215669.1|CF215669
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|71868631|gb|DT017686.1|DT017686
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110368476|gb|EC932455.1|EC932455
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|22010553|gb|BQ795587.1|BQ795587
EST:     CCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: CCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|161718984|gb|FC068639.1|FC068639
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110409610|gb|EC975276.1|EC975276
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110395237|gb|EC960891.1|EC960891
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|27580004|gb|CB002699.1|CB002699
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|71866632|gb|DT015687.1|DT015687
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|110706237|gb|EE081585.1|EE081585
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EST: gi|110709127|gb|EE084314.1|EE084314
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|87586503|gb|DY474749.1|DY474749
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110366710|gb|EC930626.1|EC930626
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|34416554|gb|CF415308.1|CF415308
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|33409969|gb|CF215596.1|CF215596
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|71856869|gb|DT005924.1|DT005924
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|37184453|gb|CF603807.1|CF603807
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|71874294|gb|DT023349.1|DT023349
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|37183972|gb|CF603326.1|CF603326
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|30135098|gb|CB920436.1|CB920436
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|32245941|gb|CD711760.1|CD711760
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110398076|gb|EC964178.1|EC964178
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|22010279|gb|BQ795313.1|BQ795313
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|254914253|gb|GR906354.1|GR906354
EST:     GCCCAACTGATTTACATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCTCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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EST: gi|71865585|gb|DT014640.1|DT014640
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
EST: gi|110394098|gb|EC958585.1|EC958585
EST:     GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAG                         GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
genomic: GCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacattt ... tatgtgtcagGATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTC
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AGGTTTTTGGATTTGCTATTGCCATTTGGCCCGTCCATCTGCTTTGCCTAGCCCAACTGATTTGCATCTTTTCAAAGAGGGAATTCGCCCCCTATGGGAGgtaaacatttgaatctttctgtgcattttctttcttgtctaattaatgatattttttattccttatttttcacttcctttttattacataattatcttcagaagctaaaatgtatgaaattcaaccctagattgtggttaacctgaatgaaatttcttatgtgtcag

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