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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACGTGGCATCAGGATTAAAGAATGAAATAGCAAAACAGTTGTTAAATCTCAATGTTTCAACTTTTAGCATGACGCCAGTTAAGgtttgtattttgatcattgaagcagcagaaaaatgcattgtctaactcttaaaaatgctgaatgctccgccgcatattttcatcactcttattccatattgttgctcattccttgtttatgatgaatatatcacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g00470.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g00470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G67100.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GACGTGGCATCAGGATTAAAGAATGAAATAGCAAAACAGTTGTTAAATCTCAATGTTTCAACTTTTAGCATGACGCCAGTTAAGgtttgtat-tttgatcattgaagca-gcagaaaaat-gcattgtctaactcttaaaaatgctgaatgctccgccgcatattttcatcactcttattccatattgttgctcattccttgtttatgatgaatatatcacag
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GAAATGGCATCAAAACTGAAAAACGAAATTGCTCAGGAATTGTTACAGCTCAATGTTTCAAATTTTAGCATGGCGCCTGTCAAGgtttggatatttgacttctttttcatgtattctagcagcaatacttttcttttgactctctattctgctct-ttatgtacgaatatcag--------------------------------------------------