Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCAGGAAACAGAAAGATCTATATTTATGGATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttctgctctagtttcaagtattcatttgcatggtaatatgagttttagattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g04550.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g04550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G51310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGCAGGAAACAGAAAGATCTATATTTATGGATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttctgctctagtttcaagtattca-tttgcatggtaatatgagtttta----gattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttag
|||||||| || |||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||  ||||||||||  | |  |||  ||  |   ||    ||   |   ||  ||   | ||     |||    || ||  |  || || | | || |||        ||||     |||||      || |||  ||       |  || |    ||   || | | | |      || |||  || |     |    |   ||  ||
TGCAGGAAGCATAAAGATCTTTATCTCTGGATGGCAAAATGCCCCAATGGCCCATCTGTAAAATTTCTAGTTAGTGCTGgtaatagtttcatctgattatagtcataaggttaatacaatatcatttttcttgctatgatgatttagtgttctgat-ttgtgtatactctaatcggcatttttcttgttggattatgattttttgtgtttctctcactctctcaactat--ttctgatgtacttttactgatttctgtgtttcctccactgctttccag

upper sequence: Vv07s0005g04550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G12700.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGCAGGAAACAGAAAGATCTATATTTATGGATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttctgctctagtttcaagtattcatttgcatggtaatatgagttttagattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttag-------
|||||||| || |||||||| ||| | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||  |||||||||| || |  |||  ||   |    ||||  |     ||  ||    ||| | ||||      ||  || | | | ||   |||| ||       |  |     ||       |  | || || ||    |  | |||||    | |||      | |    |  ||  |||    | ||||   |    |         
TGCAGGAAGCAAAAAGATCTTTATCTCTGGATAGCAAAATGCCCCAATGGCCCATCTGTAAAATTTTTAGTTAGTGCTGgtaatattttcatctgattatta----tcataaggtcaatacaatactattttgcttgctatgatgatgtagagtct-tgatctctgtata-----ctacattcatgattctgtctgctgaattatgattttttatgtttctctcaacttttttctggtatcatt--ttgctgatctctgtttttcctccactgctttccag

upper sequence: Vv07s0005g04550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G28320.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TGCAGGAAACAGAAAGATCTATATTTATGGATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttctgctctagt-ttcaagtattcatttgcatggtaatatgagtttta-gattgcctaatggacatatattttatgtattctg--catcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaa--gattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttag
|||||||| || |||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||  ||| |||||| ||||  ||| || ||||     | | |   ||   ||| ||  |  || |||    || ||  |  || | || | || |||   | ||||| ||  |   |||||      || |||  ||          ||   ||| ||    || | |   |      || |||  ||       |    |   ||  ||
TGCAGGAAGCATAAAGATCTTTATCTCTGGATGGCAAAATGCCCCAATGGCCCATCTGTAAAGTTTCTAGTTAGTGCCGgtaatattctcatcttgtattcataaggttaatacaatatcaatttgcttgctatgatgatgtagtgttcggatttctt-tatactctagtcgtcattcttcttg--ttggagtatgattttttgtgttt------ctctcactctcaactatttctgatatacttttacttatttctgtttttcctccactgctttccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161716827|gb|FC068099.1|FC068099
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|34544827|gb|CF513059.1|CF513059
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|294967323|gb|GW836677.1|GW836677
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110417096|gb|EC983122.1|EC983122
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110723555|gb|EE101001.1|EE101001
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|34549744|gb|CF517976.1|CF517976
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110731138|gb|EE109014.1|EE109014
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|30252907|gb|CB970458.1|CB970458
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|71854618|gb|DT003673.1|DT003673
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTAAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAG
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAG
EST: gi|110702082|gb|EE080390.1|EE080390
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110720764|gb|EE096972.1|EE096972
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|37187733|gb|CF607086.1|CF607086
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110719294|gb|EE097103.1|EE097103
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCGTCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110685809|gb|EE062855.1|EE062855
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110732371|gb|EE107597.1|EE107597
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110373531|gb|EC937775.1|EC937775
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|27585576|gb|CB008271.1|CB008271
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110718547|gb|EE095508.1|EE095508
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|294965135|gb|GW836966.1|GW836966
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110685111|gb|EE063162.1|EE063162
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCAGGAAACAGAAAGATCTATATTTATGGATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttctgctctagtttcaagtattcatttgcatggtaatatgagttttagattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG