1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TTGTTGACAAAACTGCAACAATGCAAGACAGTTCTTTTCACTTCAAGAAGCAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcctcctttctactgcctcctatcactaagtttatgaaagttgttttcacttttcatggagatttctaaatatcttaaagcatgtttcattgaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0080g00800.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTT GGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGCEST: gi|30299647|gb|CB976441.1|CB976441
genomic: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcct ... ttcatggcagGGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
EST: CAGTTTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTT GGCCTTGTTGCCATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTCCATTATAATTGCCGCEST: gi|18458167|gb|BM436445.1|BM436445
genomic: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcct ... ttcatggcagGGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
EST: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCATGCTCTT GGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGCEST: gi|30299576|gb|CB976370.1|CB976370
genomic: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcct ... ttcatggcagGGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
EST: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTT GGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGCEST: gi|110718806|gb|EE096063.1|EE096063
genomic: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcct ... ttcatggcagGGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
EST: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTT GGCCTTGTTGACATGCTCGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGCEST: gi|30129886|gb|CB915225.1|CB915225
genomic: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcct ... ttcatggcagGGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
EST: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTT GGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
genomic: CAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcct ... ttcatggcagGGCCTTGTTGACATGCTTGATTGTTGTGCTGCTGTACATTATAATTGCCGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGTTGACAAAACTGCAACAATGCAAGACAGTTCTTTTCACTTCAAGAAGCAGTCTAAGCGCTTGCGCCGAGCTCTTTGGATGAAAAATGCCAAGCTCTTgtgagttcctcctttctactgcctcctatcactaagtttatgaaagttgttttcacttttcatggagatttctaaatatcttaaagcatgtttcattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaaa