Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGGTTATGAAGGTAGATCCAAATTTAAATGTCATTTTAACAGCATGTCTCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaattagccaagttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g03520.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G044348_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ACTGGTTATGAAGGTAGATCCAAATTTAAATGTCATTTTAACAGCATGTCTCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaag-aacaattagccaagttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcag
|||  |  | || ||| | |||||| | |||||  | || |||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |       | ||  |||   | | |||| ||||| | | |   |||||   |         |||     |||||  || ||  || ||| ||
ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaatacacgtttatgtatctga--tgcctattactatgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgt-----ttttgcaatttttgtt-atgtag

upper sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ACTGGTTATGAAGGTAGATCCAAATTTAAATGTCATTTTAACAGCATGTCTCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaattagccaa-gttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcag
 || ||  | || ||| | |||||| | |||||  |  | |||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |  ||  | ||| ||  ||||  ||  ||||  | || | | |   |||||    ||   | |   |  |  |||    |  |  ||| ||||||
GCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaatatgtgtcaatgtatctgc--ttgctattcttgtgacttgtaactcatg----tgaccaactgatttg--tttctgcaattgtatt-atgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71877015|gb|DT026070.1|DT026070
EST:     AAGCCAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: AAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
EST: gi|351030693|gb|FQ438531.1|FQ438531
EST:     TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
EST: gi|22010806|gb|BQ795840.1|BQ795840
EST:     TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
EST: gi|77579348|gb|DV218502.1|DV218502
EST:     CAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: CAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
EST: gi|349812621|gb|FQ409780.1|FQ409780
EST:     TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
EST: gi|110708740|gb|EE086629.1|EE086629
EST:     TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: TCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
EST: gi|71874644|gb|DT023699.1|DT023699
EST:     CAACTCCCCCTTCT                         GAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA
genomic: CAACTCCCCCTTCTgtaagaacaa ... attcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCA