1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GATTTTTTATGTTGATCCTCAAAGCATAGCATCCGAGAAGTGGTTGCAACAACTTTATAAAGAGCTGGAGAGACAAGGCATTAGTTTACCAGAAAGgtgattaagtggttatcttgcattgaatatcatctggctatatgcaacctttgctttaattcagaatgagaacttaatggaaattttgtgataagaaact...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g04410.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAACAACTTTATAAAGAGCTGGAGAGACAAGGCATTAGTTTACCAGAAAG AATTAATGAGGATGAGCTCCGTAGATTTTATACTGCAGTAAATGGTGACTTEST: gi|71858269|gb|DT007324.1|DT007324
genomic: CAACAACTTTATAAAGAGCTGGAGAGACAAGGCATTAGTTTACCAGAAAGgtgattaagt ... ttttatgcagAATTAATGAGGATGAGCTCCGTAGATTTTATACTGCAGTAAATGGTGACTT
EST: CAACAACTTTATAAAGAGCTGGAGAGAAAAGGCATTAGTTTACCAGAAAG AATTAATGAGGATGAGCTCCATAGATTTTATACTGCAGTAAATGGTGACTT
genomic: CAACAACTTTATAAAGAGCTGGAGAGACAAGGCATTAGTTTACCAGAAAGgtgattaagt ... ttttatgcagAATTAATGAGGATGAGCTCCGTAGATTTTATACTGCAGTAAATGGTGACTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATTTTTTATGTTGATCCTCAAAGCATAGCATCCGAGAAGTGGTTGCAACAACTTTATAAAGAGCTGGAGAGACAAGGCATTAGTTTACCAGAAAGgtgattaagtggttatcttgcattgaatatcatctggctatatgcaacctttgctttaattcagaatgagaacttaatggaaattttgtgataagaaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taagaaa