Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGCAGGTCGAGGTCAGCAAATATACAGAAGGTGTGAATGAAAAGGCAGTTCGACCAAATGGATTGCCTCAGTCACTAATCCGTTATGATGgtagttaaacaaatatagccccccaatttggtttcagagatgattatgagtgattctaatttttcatgttttccatgtaaatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g04210.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g04210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G19560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AATGCAGGTCGAGGTCAGCAAATATACAGAAGGTGTGAATGAAAAGGCAGTTCGACCAAATGGATTGCCTCAGTCACTAATCCGTTATGATGgta----gttaaacaaatatagccccccaatttggtttcagagatgattatgagtgattctaatttttcatgttttccatgtaaatag
||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||    ||||| | | |||                                                                    
AATGCAGGTTGAAGTGAGCAAGTATACAGAAGGCGTGAATGAAAAGGCATTACGACCAAATGGATTACCTAAGTCATTAATTCgttatgatggtaatatgttaagccattattag-----------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv03s0038g04210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G33560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AATGCAGGTCGAGGTCAGCAAATATACAGAAGGTGTGAATGAAAAGGCAGTTCGACCAAATGGATTGCCTCAGTCACTAATCCGTTATGATGgtagttaaacaaatatagccccccaatttggtttcagagatgattatgagtgattctaatttttcatgttttccatgtaaatag
||||||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||||||||||||| | |||||||||||||| ||| | ||| |||| ||||||||||||| |     |  |  ||||        | || |  |||||   |     |   | ||||  || |  |||    |   |    
AATGCAGGTTGAGGTGAGCAAGTACACAGAAGGCATGAATGAAAAGGCATTACGACCAAATGGATTACCTAAATCATTAATTCGTTATGATGgtaat-----atgttgagccatttttagtagtgtgtgagatt-ctgcatttacatataatcattta-atttcatttaccag---