Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCCCCAGTATTTGAAAGGAAGGAATGCTTGATCCCACCACCAGATGGATACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatgggctgctctgtttttaaacttattgcttatggtttttgatgtcaaggattggatttctcctggaaatgttattgagtgtatactatttggatctggcttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0033g01120.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0033g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G34640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GTCCCCCAGTATTTGAAAGGAAGGAATGCTTGATCCCACCACCAGATGGATACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgta--atatgggctgctctgtttttaaactt--attgcttatggtt--tttgatgtcaaggattggatttctcctggaaatgttat-tgagtgtatactatttggatctggcttcag-----------------
||||  |||| ||||||||||| ||||||||| | || || |||||||| ||||| || ||||| | |||||| || || ||  |||||||||||||||||||  |||     | || |  |||   | ||  ||  |  | ||||   |||||   |   |||  | |   ||||  | |  ||| |  |  ||| || |     ||    ||                    
GTCCTTCAGTTTTTGAAAGGAAAGAATGCTTGGTTCCTCCCCCAGATGGTTACAAGCCTCCAATCAGATGGCCAAAGAGTAGAGATGAATGTTGGTACAGgtatgatactatatactatactttatgagttaaataacaaaaggttggattgattcaactcatttaagtag-cctgctacttctatatatgattatgctgtccacttcaactttttctgttatcctaatgtcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110705273|gb|EE081966.1|EE081966
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|30299339|gb|CB976133.1|CB976133
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|110712136|gb|EE089409.1|EE089409
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|110720926|gb|EE097340.1|EE097340
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|110724515|gb|EE100409.1|EE100409
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|110724258|gb|EE099928.1|EE099928
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|71855537|gb|DT004592.1|DT004592
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCA
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCA
EST: gi|110705287|gb|EE081996.1|EE081996
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|110685058|gb|EE063045.1|EE063045
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
EST: gi|110723381|gb|EE100627.1|EE100627
EST:     TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGTAATGAATGTTGGTACAG                         GAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT
genomic: TACAAACCACCAATTAAATGGCCTAAAAGCAGGAATGAATGTTGGTACAGgtaatatggg ... ctggcttcagGAATGTGCCATATGATTGGATTAACAAGCAGAAGTCTAATCAGAACTGGCT