Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTCTGCAGTTTGCCTCGGCTTTGAGGATTGAAATCAACCGGGGTTTTACTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgatttcttataacttgcttggggagtcctactttgcagtttgtatataacattagaagtggaccccattccctgattgattgggtgaattgta...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g00640.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110731085|gb|EE108905.1|EE108905
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351056273|gb|FQ453735.1|FQ453735
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|71873398|gb|DT022453.1|DT022453
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110723518|gb|EE100924.1|EE100924
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|71874793|gb|DT023848.1|DT023848
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTG
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTG
EST: gi|349828010|gb|FQ422878.1|FQ422878
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110371909|gb|EC936044.1|EC936044
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110684721|gb|EE062324.1|EE062324
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|30131910|gb|CB917249.1|CB917249
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110691625|gb|EE069943.1|EE069943
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|30296703|gb|CB973497.1|CB973497
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349826619|gb|FQ418710.1|FQ418710
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATGGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110689474|gb|EE065740.1|EE065740
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAAATGTGGGCAGTTGGTGTACCTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110372297|gb|EC936450.1|EC936450
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|161707696|gb|FC057423.1|FC057423
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349828802|gb|FQ419135.1|FQ419135
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349820518|gb|FQ404013.1|FQ404013
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCCGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110695959|gb|EE074568.1|EE074568
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110730633|gb|EE107933.1|EE107933
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|294966775|gb|GW837794.1|GW837794
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTT-CTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTG
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTG
EST: gi|351023646|gb|FQ448197.1|FQ448197
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|71873938|gb|DT022993.1|DT022993
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349823560|gb|FQ414970.1|FQ414970
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110693223|gb|EE069264.1|EE069264
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351053564|gb|FQ462639.1|FQ462639
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|30253114|gb|CB970665.1|CB970665
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110712849|gb|EE088256.1|EE088256
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351016650|gb|FQ424077.1|FQ424077
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|77586321|gb|DV222263.1|DV222263
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAA
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAA
EST: gi|27582357|gb|CB005052.1|CB005052
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110371532|gb|EC935632.1|EC935632
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349821472|gb|FQ404483.1|FQ404483
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110397930|gb|EC963929.1|EC963929
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351033859|gb|FQ447897.1|FQ447897
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110721244|gb|EE098018.1|EE098018
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGGTA-CTT
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTG-TAACTT
EST: gi|110410031|gb|EC975707.1|EC975707
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110706191|gb|EE081511.1|EE081511
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110718326|gb|EE095031.1|EE095031
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|34548102|gb|CF516334.1|CF516334
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349824318|gb|FQ417689.1|FQ417689
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|33402635|gb|CF208262.1|CF208262
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110395723|gb|EC961393.1|EC961393
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110697469|gb|EE074483.1|EE074483
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351041683|gb|FQ455893.1|FQ455893
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110690299|gb|EE067279.1|EE067279
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349827000|gb|FQ419091.1|FQ419091
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110387135|gb|EC951780.1|EC951780
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110692075|gb|EE070905.1|EE070905
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351033925|gb|FQ462980.1|FQ462980
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|349811034|gb|FQ406022.1|FQ406022
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351013192|gb|FQ424897.1|FQ424897
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|30296772|gb|CB973566.1|CB973566
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351026162|gb|FQ428174.1|FQ428174
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|351012766|gb|FQ430329.1|FQ430329
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|161720413|gb|FC069855.1|FC069855
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTT
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTT
EST: gi|110733104|gb|EE109003.1|EE109003
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|30252458|gb|CB970009.1|CB970009
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|352798976|gb|FQ480825.1|FQ480825
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
EST: gi|110707907|gb|EE084844.1|EE084844
EST:     CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCG                         GTGATTGCTGGCTTATGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC
genomic: CTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgat ... gattaatcagGTGATTGCTGGCTTGTGGGTGGTGTCAATTGTGGGCAGTTGGTGTAACTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTTCTGCAGTTTGCCTCGGCTTTGAGGATTGAAATCAACCGGGGTTTTACTCTCTTGCGCAATGTTGCATCTGGCAAAGATCTGAAGAAGTTTCTCTCGgtatgttgatttcttataacttgcttggggagtcctactttgcagtttgtatataacattagaagtggaccccattccctgattgattgggtgaattgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggggag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaagtgg