Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaatgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttgggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g01770.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G110983_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaatgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttg-ggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag
| ||||||||||||||| |||||   ||||| || || || ||||| ||||| || || || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||   ||| |  |        ||    |  || | |||||||  |||   | ||  | |||    |  | |   |||||     ||   |            
TGATGAGGGATTTCAAGCGGTTGATGCAGGACCCTCCGGCCGGCATAAGTGGCGCCCCGCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTGTCATATTTGGgtatgatgcagaatccccccgcccccttttccccacttct-tagtttgaattgtaatatttgacatcgtctttggatatgcttatttcttttacag------------

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G02400.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaatgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttgggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag
||||||| |||||||| || |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||| | |    |  | |   |  | ||||||| ||   |  ||||||        ||   | ||| | |  | |    || |  |  ||  | |           
TCATGAGAGATTTCAAAAGATTGCAACTAGATCCTCCTGCTGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAATATTATGCTTTGGAATGCAGTTATCTTCGGgtatgttag----tataccgaagaattttctttcctta--agggtttgttcc---cttttgtggtctaattttgctttttttgt-tgtttttctag-----------

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G16160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg--aaatgcatcat----tgtttattctttc----------ttttgtatagtttgtg---ttgggtg-ttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag---
| ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||   | ||  |||||    | ||| || | |           || | | || ||||||   |||| || || ||| | |||      |  | || | |   |||||||||   ||       
TGATGAGGGATTTTAAAAGATTGCAACAAGATCCTCCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCCCAAGACAATAATATTATGCTTTGGAATGCTGTTATCTTTGGgtgtgtaggagtatataaatcatgaaatttttgttttcttaagtgtgtgtttctctttactttgtggttttggatgatttaaggtatgataacaatctaattgtgc-ttttcttggttctttttttccag

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G40860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaatgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttgggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag-----------------------
| ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||    | ||  ||  | |||| ||| |||| |  ||| ||||||     |||       |     | ||   | ||      |     |  |||||                          
TGATGAGGGATTTTAAAAGATTGCAACAAGATCCTCCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCCCAAGACAATAATATTATGCTTTGGAATGCTGTTATCTTTGGgtgtgtaggagtttacaa-atcctgtattttttgttttcttaagtgtgtgtttctctttactttgtggttgtggatggtttaatgtatagtaacaatctaattgtgccttttcttggtgcttttttccag

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G16160.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg--aaatgcatcat----tgtttattctttc----------ttttgtatagtttgtg---ttgggtg-ttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag----
  ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||   | ||  |||||    | ||| || | |           || | | || ||||||   |||| || || ||| | |||      |  | || | |   |||||||||   ||        
-GATGAGGGATTTTAAAAGATTGCAACAAGATCCTCCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCCCAAGACAATAATATTATGCTTTGGAATGCTGTTATCTTTGGGtgtgtaggagtatataaatcatgaaatttttgttttcttaagtgtgtgtttctctttactttgtggttttggatgatttaaggtatgataacaatctaattgtgc-ttttcttggttctttttttccaga

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA01G05080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaa-tgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttgggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag
||||||| |||||||| || |||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||| | | ||| || |  |||    | || |    ||   |  |||   || || |||      ||      ||   | |||| |   |||||| ||   | |   
TCATGAGAGATTTCAAAAGATTGCAACTAGATCCTCCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCCCAAGACAATAATATTATGCTTTGGAATGCAGTTATCTTTGGgtatgatagtaaactgaagaatttacaaatcctaagatttctt--ttttccttaggggtttgttcccttttgtggtc-taattatgc-ttttcttgtttttctag---

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S219_106V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaatgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttgggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag-----
| ||| | || |||||| | |||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| || ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||      ||| ||| ||  ||    ||   | ||||||  | || ||||  |||  |   |  | ||||  |  |  | |    | |      || | | ||  |     
TGATGCGTGACTTCAAGCGCTTGCAACATGATCCTCCGGCCGGCATCAGCGGCGCTCCGCAGGACAACAATATCATGCTGTGGAATGCTGTGATATTCGGgta----acgaagtgcctccctg---gtttcgttttttgttcaatt-gtgtccggtcgtggtg--cggaattcgccgggcgtgggaggcgcac--gtcggagtgtcggtttt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30127372|gb|CB912711.1|CB912711
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|71890318|gb|DT039373.1|DT039373
EST:     GGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30135554|gb|CB920892.1|CB920892
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|27583167|gb|CB005862.1|CB005862
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110694509|gb|EE071677.1|EE071677
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|29781683|gb|CB346307.2|CB346307
EST:     GGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|27584288|gb|CB006983.1|CB006983
EST:     CAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: CAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|33410164|gb|CF215791.1|CF215791
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110716405|gb|EE091360.1|EE091360
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30134615|gb|CB919953.1|CB919953
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110702201|gb|EE080645.1|EE080645
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110690858|gb|EE068296.1|EE068296
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|33407755|gb|CF213382.1|CF213382
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|34361706|gb|CF403291.1|CF403291
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110376843|gb|EC941920.1|EC941920
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|27584058|gb|CB006753.1|CB006753
EST:     CAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: CAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110385345|gb|EC949859.1|EC949859
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110378727|gb|EC943873.1|EC943873
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110410253|gb|EC975931.1|EC975931
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110403977|gb|EC969876.1|EC969876
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110361346|gb|EC924813.1|EC924813
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30131741|gb|CB917080.1|CB917080
EST:     GGAGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30298189|gb|CB974983.1|CB974983
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110415891|gb|EC981831.1|EC981831
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110425573|gb|EC991961.1|EC991961
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|32270605|gb|CD719764.1|CD719764
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|34546972|gb|CF515204.1|CF515204
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|46918375|gb|CN547704.1|CN547704
EST:     ATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: ATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30128287|gb|CB913626.1|CB913626
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|26267511|gb|CA818574.1|CA818574
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|33407677|gb|CF213304.1|CF213304
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110413027|gb|EC978796.1|EC978796
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110715265|gb|EE093114.1|EE093114
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110716804|gb|EE092116.1|EE092116
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30134773|gb|CB920111.1|CB920111
EST:     CTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: CTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30298664|gb|CB975458.1|CB975458
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|34549851|gb|CF518083.1|CF518083
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30135486|gb|CB920824.1|CB920824
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|46918162|gb|CN547491.1|CN547491
EST:     AATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: AATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|18459627|gb|BM437905.1|BM437905
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110704703|gb|EE081681.1|EE081681
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|26265449|gb|CA816512.1|CA816512
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|33406237|gb|CF211864.1|CF211864
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|45770859|gb|CN006711.1|CN006711
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30126908|gb|CB912247.1|CB912247
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110387432|gb|EC952095.1|EC952095
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|161718495|gb|FC065351.1|FC065351
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110388513|gb|EC953271.1|EC953271
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110714714|gb|EE091939.1|EE091939
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110686187|gb|EE063562.1|EE063562
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|30298723|gb|CB975517.1|CB975517
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTTTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110722871|gb|EE099533.1|EE099533
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110391281|gb|EC956246.1|EC956246
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110700185|gb|EE077933.1|EE077933
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|33406145|gb|CF211772.1|CF211772
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGTTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|110697152|gb|EE073900.1|EE073900
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
EST: gi|34547060|gb|CF515292.1|CF515292
EST:     GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGG                         ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG
genomic: GGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctggg ... tgaattgcagACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAACAGGATCCACCTGCAGGCATCAGTGGTGCTCCTCAAGACAATAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTTGGgtatgctgggaaatgcatcattgtttattctttcttttgtatagtttgtgttgggtgttaaagatctgaatcagttgcacttatacgccttcttggttgaattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT