1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TGTTCGGAGTGTTCGAGCATACGGTGTTGAATTCAAGGAAGGGCCTGATGGATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaatttctccatttaaagattatgcaattgatggctttattgatttttacctatttgttttttctattgatgttttcattgtagtttctccatt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g01080.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|349830971|gb|FQ418255.1|FQ418255
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGNNNNNNNGCTEST: gi|351025692|gb|FQ426706.1|FQ426706
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAG-AAAAAAGCT
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|349824034|gb|FQ417421.1|FQ417421
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351019251|gb|FQ429411.1|FQ429411
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGNNNNNNNGCTEST: gi|349832506|gb|FQ421067.1|FQ421067
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAA-GCT
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351048408|gb|FQ448682.1|FQ448682
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTGAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|349821313|gb|FQ404445.1|FQ404445
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTGAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351053396|gb|FQ455732.1|FQ455732
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTGAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351028541|gb|FQ444822.1|FQ444822
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351053071|gb|FQ456678.1|FQ456678
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTGAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351016333|gb|FQ446193.1|FQ446193
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCACAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGNNNNNNNGCTEST: gi|351013379|gb|FQ425410.1|FQ425410
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAA-GCT
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351015737|gb|FQ431692.1|FQ431692
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTCEST: gi|351034855|gb|FQ458212.1|FQ458212
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
EST: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGG ATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTGAACAATAAGAAAAAAGCTC
genomic: GATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaat ... gtacccacagATGATCATGGAAATTCCACTGGAATTGATGTTAACAATAAGAAAAAAGCTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTCGGAGTGTTCGAGCATACGGTGTTGAATTCAAGGAAGGGCCTGATGGATTTGGAGTCTATGCCTCTAAAGATGTTGAACCACTTCGCAGAGCAAGGgtgaatgaatttctccatttaaagattatgcaattgatggctttattgatttttacctatttgttttttctattgatgttttcattgtagtttctccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG