Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATGACCTGGATAATATTTTGCTTGAGAACCTTGGAGACACAAGGACATTACAAGCCGTGTTTGAACTTGAGGCTCTTCTTTTAACAGgtaaatttgtgtttaggtgcattttgatatttttgcgtgttatcagtgattgttattgttcttacaattaactatcattgatcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0034g02230.t01
intron # 28
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 28
lower sequence: GLYMA08G20020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 27
ACATGACCTGGATAATATTTTGCTTGAGAACCTTGGAGACACAAGGACATTACAAGCCGTGTTTGAACTTGAGGCTCTTCTTTTAACAGgtaaa------tttgtgtttaggtgcattt-----tgatatttttgcgtgttatcagtgattgttattgttcttacaattaactatcattgatcag------------------------------
 |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||  | ||||||||||| |||||| |  |||||||||||      ||| | ||||  |  ||       ||||   |||   |   ||||   |   ||| |  |   | |||  | | | |     ||                               
TCATGACCTGGATAACATTCTGCTTGAGAACCTTGGTGATACAAGAACATTGCAAGCAATTTTTGAACTTGAAGCTCTTGTCCTAACAGgtaaaattgcatttttatttaaataaataggctggtgattccttttgataccatcataaagcattaattgttaaataatacattctaagaatccattgttgttcttttcaattgttcatgtattag

upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 28
lower sequence: GLYMA08G13400.1 (Glycine max), 5'ss of exon 30
ACATGACCTGGATAATATTTTGCTTGAGAACCTTGGAGACACAAGGACATTACAAGCCGTGTTTGAACTTGAGGCTCTTCTTTTAACAGgtaaatttg-----tgtttaggtgcattttga--tatttttgcgtgttatcagtgattgttattgttcttaca-attaactatcattgatcag--------
 |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| |  | || |||||  |||     |||||| | | | |   |  |  |    | |  | | ||||||  ||||||||  || | | | |   | | |  | ||        
CCATGACCTGGATAACATTCTTCTTGAGAACCTTGGCAACACAAGGACATTGCAAGCAGTTTTTGAGCTTGAAGCTCTTGTCCTCACTGgtaagattgcattttgtttatgagaaatacaagctggtgactcctagtgttagtgat-attattgttactaaataatcatcgttacttgttagaatgctag

upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 28
lower sequence: GLYMA05G30230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 28
ACATGACCTGGATAATATTTTGCTTGAGAACCTTGGAGACACAAGGACATTACAAGCCGTGTTTGAACTTGAGGCTCTTCTTTTAACAGgtaaatttgtgtttaggt----gcattttga--tatttttgcgtgttatcagtgattgttattgttcttaca-attaactatcattgatcag---------
 |||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| |  | || |||||  |||  | | | |    | | |   |  |  |    | || | | ||||||  ||||||||  || | | | | |   | |  | ||         
CCATGACCTGGATAACATTCTTCTTGAGAACCTTGGTGACACAAGCACATTGCAAGCAGTTTTTGAGCTTGAAGCTCTTGTCCTCACTGgtaacattgcatcttgttatcagaaatacaagctgatgactcctggtgttagtgat-attattgttactaaataatcattgctacttgttagaatgctagg