Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacattttaagaagttgcttatgctggtaaaatgcttgttttaaaattgttgtcaatttccacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g00490.t01
intron # 26
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351039026|gb|FQ457701.1|FQ457701
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351056447|gb|FQ454308.1|FQ454308
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCCGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351042671|gb|FQ451086.1|FQ451086
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351034908|gb|FQ458265.1|FQ458265
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351035476|gb|FQ463321.1|FQ463321
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|30305348|gb|CB982142.1|CB982142
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351038517|gb|FQ464383.1|FQ464383
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351056626|gb|FQ442454.1|FQ442454
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351026108|gb|FQ428120.1|FQ428120
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|71875416|gb|DT024471.1|DT024471
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
EST: gi|351051717|gb|FQ449531.1|FQ449531
EST:     TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAG                         AACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA
genomic: TAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacatt ... atttccacagAACATTTCTGAAGGATCTGTACTGCTTGGAGCTATCTCATATGGGGTACTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAAGgtattacattttaagaagttgcttatgctggtaaaatgcttgttttaaaattgttgtcaatttccacag

- - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT