Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCTGTTCGATTGAGCTTTTTCTCTCAACCAGATGGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttgtggccaaatagttcgtctttataacttacttcataggaccatctgttcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g00490.t01
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 25
lower sequence: GLYMA10G37900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
GAAGCTGTTCGATTGAGCTTTTTCTCTCAACCAGATGGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttgtggccaaatagttcgtctttataactt---acttcataggaccatctgt-tcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcag
||     || | ||   ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| | | |||||| |||||   |||||||||||||||||    |||   | |||| | |   ||   | |     || | | | | || ||| |  |   ||| || | ||  |     ||             
GAGATCATTTGGTTATCCTTTTTCTCTCAACCAGATGGTCCACTGATGGGAAATGATTCCTTTAAGTCCTCAACGTTAGTTCCAGGgtatgtaac-tggttta-tagtccctacctagctccttaaggtttaaatgtcaatttgtgttgtggtattgatgtttgctcactgatag------------

upper sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 25
lower sequence: GLYMA09G25250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
GAAGCTGTTCGATTGAGCTTTTTCTCTCAACCAGATGGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttgtggccaaata-gttcgtctttataacttacttcataggaccatctgttcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcag
|| |   |||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || ||  ||| |  | ||||||||||||||||          | || ||| ||  |  |||  |  || | |   |    |||  || |  |    |  | ||||||    |            
GATGTCATTCGGTTAAGCTTTTTCTCTCAACCCGATGGCCCACTTATGGGAAATGGTTCCTTCAAATCCTTATCTCTAGTTCCAGGgtatgt---------gagtatgtttgtagtcctaaaatggtttaaatttcttcttgtgtat-ttgtgttgacttttacttattggtag----------

upper sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 25
lower sequence: GLYMA16G30190.2 (Glycine max), 5'ss of exon 25
GAAGCTGTTCGATTGAGCTTTTTCTCTCAACCAGATGGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttgtggccaaata-gttcgtctttataacttacttcataggaccatctgttcatatcattcatatatgtacttaactatctccttctgcag
|| |   ||||  | ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| | |||||| |||||    ||||||||||||||||          | || ||| ||  |  |||| |  || | | | |    |||   | |  |    |  | ||||||    |            
GATGTCATTCGGCTAAGCTTTTTCTCTCAACCCGATGGCCCGCTGATGGGAAATGGTTCCTTTAAGTCCTCATCACTAGTTCCAGGgtatgt---------gagtatgtttgtagtcctaacatggtttaaatgtctccttgtgt-tgttgtgttgacttttacttattggtag----------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351039026|gb|FQ457701.1|FQ457701
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351056447|gb|FQ454308.1|FQ454308
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351042671|gb|FQ451086.1|FQ451086
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351034908|gb|FQ458265.1|FQ458265
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351035476|gb|FQ463321.1|FQ463321
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|30305348|gb|CB982142.1|CB982142
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351038517|gb|FQ464383.1|FQ464383
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351056626|gb|FQ442454.1|FQ442454
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351026108|gb|FQ428120.1|FQ428120
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|71875416|gb|DT024471.1|DT024471
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
EST: gi|351051717|gb|FQ449531.1|FQ449531
EST:     GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGG                         AGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA
genomic: GGCCCAATTATGGGAAATGGTGCTTTTAAGACCTCAGTTTTAGTTCCAGGgtatgttttg ... ccttctgcagAGTAAAAGAATCCTTTTATGTTGGCCCACCTAACAAAGACAAGCTCCCAAA