Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCCTGAGCTGTTCTACCTCCCTGAGATCTTAACCAATGAAAATTCAATTGATTTTGGTACAACACAACTTGGGGGAAAGCTTGgtatgtacttgtaattaatttttaccagtcatacctaaatgattaagtttcttatcactctgaagttgaaaattttctattttattcaaatttatcatttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g01650.t01
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g01650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 25
lower sequence: AT2G45540.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
GTTCCTGAGCTGTTCTACCTCCCTGAGATCTTAACCAATGAAAATTCAATTGATTTTGGTACAACACAACTTGGGGGAAAGCTTGgtatgtacttgtaattaatttttaccagtcatacctaaatgattaagtttcttatcactctgaagttgaaaattttctattttattcaaatttatcattt--cag
||||| ||| |||| |||||||||||| |  | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | || | ||||||||||||     ||| |||   |||| |  |||||| | |||   ||| |  |   ||         ||   || |||  ||| | || |   ||| | || |   ||
GTTCCAGAGTTGTTTTACCTCCCTGAGGTGCTGACCAACGAAAATTCGATTGACTTTGGTACAACACAGTTGGGAGAAAAGCTTGgtat-----tgtgatt--cttttccttgtcatagccaaa-atttatgcgtggcat--------ggtgagaattttgttatctgatgcggtttttttatctattag