Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGCGGCATTTGCAGCTGCAGTTTTGGGAGACAATGCTCTTATGGAGAAGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattctttctccacggtttattttggccttgatttagtgatttgatcttaactagtttcatgaacacctccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0056g00040.t01
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0056g00040.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 24
lower sequence: GRMZM2G310944_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
TGAAGCGGCATTTGCAGCTGCAGTTTTGGGAGACAATGCTCTTATGGAGAAGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattctttctccacggtttattttggccttgatttagtgatttg--atcttaactagtttcatg----aacacctccag------------------
 ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||| | |||||||||||  | |||||||| |||  | ||||||         | ||  |       | ||  |||  ||  | |     | ||||   |    ||||| |                      
CGAAGCAGCCTTTGCTGCTGCAGTTTTGGGAGATAATGCTCTAATGGAGAAAGCATGGCAGGACACAGGAATGTTGGCTGAGGCTGTTTTACATGCTCAAgta--agttcttttgaattttctcatgctcaatcctacttcatgagctgcaaaccattatggttttgcgtaataacactttttttggtcttcccatttcctt

upper sequence: Vv08s0056g00040.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 24
lower sequence: GRMZM5G831142_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
TGAAGCGGCATTTGCAGCTGCAGTTTTGGGAGACAATGCTCTTATGGAGAAGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattctttctccacggtttattttggccttgatttagtgatttgatcttaactagtttcatgaacacctccag-----------------------
 ||||| |||||||| || |||||| ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||| | |||||||||||  | |||||||| |||     | | | |    |  || | |    ||  ||       | ||| ||  | ||   | |||      ||||                        
CGAAGCAGCATTTGCTGCCGCAGTTCTGGGAGATAATGCCCTAATGGAGAAAGCATGGCAGGACACAGGAATGTTAGCTGAGGCTGTTTTACATGCTCAGgtaggttatttgtttaattgaattctctcatgctcaatcctactttatgagctgca-taccattatggttttgtccaataacacatttccgtgtcttcaaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56409496|gb|CX017748.1|CX017748
EST:     AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCAT                         GCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
genomic: AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattc ... acacctccagGCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
EST: gi|56409599|gb|CX017851.1|CX017851
EST:     AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCAT                         GCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
genomic: AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattc ... acacctccagGCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
EST: gi|110389111|gb|EC953925.1|EC953925
EST:     AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCAT                         GCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
genomic: AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattc ... acacctccagGCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
EST: gi|161714502|gb|FC062952.1|FC062952
EST:     AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCAT                         GCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG
genomic: AGGCATGGCAGGATACTGGGATGCTTGCTGAGGCTGTGCTCCATGCTCATgtataaattc ... acacctccagGCACATGGACGACCAACATTGAAAAACTTGGTTCAGGCTTGGAACAAAATG