Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTGGAATAGTAACTTTGCTGCATGCATGCCTTGACATGAAGGCCATCATCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattctaaatttgagcacttcatttctctacaatttgtgaccatttgtttttggatcttgtgtttattcttactgttatttatctactttgatgctacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0028g03130.t01
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0028g03130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
lower sequence: LOC_Os09g15750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
TGCTGGAATAGTAACTTTGCTGCATGCATGCCTTGACATGAAGGCCATCATCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattctaaatttgagcacttcatttctctacaatttgtgaccatttgtt-tttggatcttgtgtttattct-tactgttatttatctactttgatgctacag
||||||  | || ||  | |||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||  | |||||| ||||||   | || ||||||||  ||      ||  |  |  |   |  |  |||  ||      |   ||    |||||  |  |||| |||| |||||  |                      
TGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGCCTTGACATGAAATCCATCATTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatctcgttcaaagatcttggtagtggacatattagctaaaccagtcacatggattctcagttttttctctactgaaacag-------------------

upper sequence: Vv12s0028g03130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
lower sequence: AT4G28470.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 21
TGCTGGAATAGTAACTTTGCTGCATGCATGCCTTGACATGAAGGCCATCATCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattctaaatttgagcacttcatttctctacaatttgtgaccatttgtttttggatcttgtgtttattcttactgttatttatctactttgatgctacag
|||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||  |||||||||| || ||||| || ||  ||||||||||||| |||||||| | | |  |||||          | | |||        ||||  ||| |||   || ||   ||||||   ||||   |   ||    |||||   |  ||
TGCTGGTATAGTGACATTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAAATCCATTATACTGGGGAAATATCACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGgtgagtgc--aattt----------tctgtctg------atgactttttttttaatgaactaa-gtttatc--tactaacaca-atacggtttgagtgtgtag

upper sequence: Vv12s0028g03130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
lower sequence: AT2G20580.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 21
TGCTGGAATAGTAACTTTGCTGCATGCATGCCTTGACATGAAGGCCATCATCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattctaaatttgagcacttcatttctctacaatttgtgaccatttgtttttggatcttgtgtttattcttactgttatttatctactttgatgctacag
|||||| ||||| ||  |  ||||||||||||||||||||||  | |||||  | ||||| ||||||||||| || ||  |||| |||||||| ||||| || | ||| |  | ||  |  |   | || ||    || || |    |  |          ||  || ||  ||| |   ||||   ||     ||| || ||
TGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAAACCAATCATACTCGGGAAGTACCATTATGTGCTGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAAgtgagttcaacttctgtcctgtgtttctccctcttgttagttaggtctgatgaacttgctatgatttgatatttaatcaaattttgttaaaaaaatg-tatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110370776|gb|EC932910.1|EC932910
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|22010967|gb|BQ796001.1|BQ796001
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|110416060|gb|EC982014.1|EC982014
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCCGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|27584813|gb|CB007508.1|CB007508
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|110365725|gb|EC929133.1|EC929133
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|27582517|gb|CB005212.1|CB005212
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|110708175|gb|EE085416.1|EE085416
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAAGATCTAAAACCTCTGTCCGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
EST: gi|161713613|gb|FC062533.1|FC062533
EST:     TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAG                         CCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT
genomic: TCTTGGGGAAATACCATTATGTTCTTTATGTCCTTGTTTTGGCCATGCAGgttaattcta ... gatgctacagCCAAGAATGTTGATGACTGTGGATGAGGATCTAAAACCTCTGTCTGTACCT