Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGATGGCAGAGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTGgtgagtagttgaaatttatatgatgctggctgttaattcatttttgagcaagacttttcctaggcgatgactgtaacggttttgtcttcaatgagcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g00770.t01
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34548244|gb|CF516476.1|CF516476
EST:     AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTG                         GCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
genomic: AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTGgtgagtagtt ... caatgagcagGCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
EST: gi|110361766|gb|EC925263.1|EC925263
EST:     AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTG                         GCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
genomic: AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTGgtgagtagtt ... caatgagcagGCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
EST: gi|22012182|gb|BQ797216.1|BQ797216
EST:     AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTG                         GCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
genomic: AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTGgtgagtagtt ... caatgagcagGCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
EST: gi|34551036|gb|CF519236.1|CF519236
EST:     AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTG                         GCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA
genomic: AGGTCACAGCAGCATTGGCATCGGTGGGAATTACCATAATTTCCTGTGTGgtgagtagtt ... caatgagcagGCTGAGATGGATAGAGGAAGGGGATTGGCTGTCATGTTATTCCATGTTGAA