Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGGCAACATTTCTTGCTCTTCATCCTCAAGATAACAATATAATTGCAGTAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAGgtaaattatctccctataaagtataaatatttgtggagagactttcaaagagaaactaaggcaacttagttgctacctacattcatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g06330.t01
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26258906|gb|CA809969.1|CA809969
EST:     TAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAG                         GTTGAGAACAAGCTTAAGGGCCACTTTGGAAAGATCACTGGCCTTGCCTTC
genomic: TAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAGgtaaattatc ... attcatgcagGTTGAGAACAAGCTTAAGGGCCACTTTGGAAAGATCACTGGCCTTGCCTTC
EST: gi|110724669|gb|EE100697.1|EE100697
EST:     TAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAG                         GTTGAGAACAAGCTTAAGGGCCACTTTGGAAAGATCACTGGCCTTGCCTTC
genomic: TAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAGgtaaattatc ... attcatgcagGTTGAGAACAAGCTTAAGGGCCACTTTGGAAAGATCACTGGCCTTGCCTTC
EST: gi|26258797|gb|CA809860.1|CA809860
EST:     TAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAG                         GTTGAGAACAAGCTTAAGGGCCACTTTGGAAAGATCACTGGCCTTGCCTTC
genomic: TAGGCCTGGATGATTCCACAATTGTGATTTACAATGTTCGCAATGATGAGgtaaattatc ... attcatgcagGTTGAGAACAAGCTTAAGGGCCACTTTGGAAAGATCACTGGCCTTGCCTTC