Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCAAGATTTAGGACAACTGTGCAATGACCCAAGAGTGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatctcatctctcataagaaaagaaacatttttgtctgaacaaaaatgttaaaaccagatcttctagtttcacaatgtgcagttcttttcttctatttattttatgtacatttcactgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g03080.t01
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71889597|gb|DT038652.1|DT038652
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|110414986|gb|EC980854.1|EC980854
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|46917646|gb|CN546975.1|CN546975
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTT
EST: gi|71882993|gb|DT032048.1|DT032048
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|46917526|gb|CN546855.1|CN546855
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|46918400|gb|CN547729.1|CN547729
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|71881187|gb|DT030242.1|DT030242
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|30129022|gb|CB914361.1|CB914361
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
EST: gi|71882474|gb|DT031529.1|DT031529
EST:     TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAG                         TTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT
genomic: TGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatc ... ttcactgcagTTGAGAGGTTTTGAATTTGCCAAAGCTGTGACTTTGGTGCTTGAACCATTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATCAAGATTTAGGACAACTGTGCAATGACCCAAGAGTGAGGGCTGCTGTCCTGGCTGACATGGATGTTGTTGGTAGGGAAGCTAAGgtaatctatctcatctctcataagaaaagaaacatttttgtctgaacaaaaatgttaaaaccagatcttctagtttcacaatgtgcagttcttttcttctatttattttatgtacatttcactgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA