Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGTTCACGCTTAGGAGTGCTATTTAGTGTCAATCCAGGTCCTGATTCACCTAGCCTCCTTTTCGTGAAGGTTTTTGAAATCACTGCATCCTCATATAGgtttgttaagtctccaatagcattatgggctatatgttaatcatcatgtaaccttgattttatatttctttatgttttctgtttggctgattttaataaaaaaatttctggttggtaatccaattgtatgatttgtggtgtcatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0034g02230.t01
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA08G20020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
AGAGTTCACGCTTAGGAGTGCTATTTAGTGTCAATCCAGGTCCTGATTCACCTAGCCTCCTTTTCGTGAAGGTTTTTGAAATCACTGCATCCTCATATAGgtttgttaagtctccaatagcattatgggctatatgttaatcatcatgtaaccttgattttatatttctttatgttttctgtttggctgattttaataaaaaaat---ttctggttggtaatccaattgtatga-tttgtggtgtcatgcag
|     | ||| ||||  | || ||||||| |||||   || | ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||   | |  ||| |    ||  | |   | |||||            |||||||  || |  || || | |   |||| ||  ||||   |   ||  |    | |||||  ||   ||||||| ||| |   |||| | || |||
AAGAAGCTCGCATAGGTTTTCTGTTTAGTGCCAATCAGAGTACAGATTCATTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAGgtttgtt---tttttaattgtggaattagttgacttttaattga---------ttgatttattagtatttaat-tctgtagttttgcaaatttcttttcgaagctatgctatggttt-tatatcaattgtgtgaatgcatggttttatacag

upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA08G13400.1 (Glycine max), 5'ss of exon 21
AGAGTTCACGCTTAGGAGTGCTATTTAGTGTCAATCCAGGTCCTGATTCACCTAGCCTCCTTTTCGTGAAGGTTTTTGAAATCACTGCATCCTCATATAGgt--ttgtt-aagtctccaatagcattatgggctatatgttaatcatcatgtaaccttgattttatatttctttatgttttctgtttggctgattttaataaaaaaatttctggttggtaatccaattgtatgatttgtggtgtcatgcag
| | | | ||  ||||  | || |||| || ||||||| ||||| |||    ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    | | |  |    | |   |||   ||  |||  | ||  |   ||   ||| ||||   | ||||    |  ||  |  | || ||  |  |  ||| |      |  |  ||  | ||| | ||  |          
AAAATGCTCGTGTAGGTCTTCTGTTTAATGCCAATCCAAGTCCTAATTTGTTTAGCCTCCTATTTGTTAAGGTCTTTGAAATCACTGCATCCTTATATAGgtatttgtttggatttgcttttaattcaaaagctggttg--aattttaatagattgtttgatttctattctctgatgtcaattcctttacaaagttgaagcaccatttttatatcaaatgtttgaac-gcatggtgtgcag----------

upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA05G30230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
AGAGTTCACGCTTAGGAGTGCTATTTAGTGTCAATCCAGGTCCTGATTCACCTAGCCTCCTTTTCGTGAAGGTTTTTGAAATCACTGCATCCTCATATAGgtttgttaagtctccaatagcattatgggctatatgttaatcatcatgtaaccttgattttatatttctttatgttttctgtttggctgattttaataaaaaaatttctggttggtaatccaattgtatgatttgtggtgtcatgcag
| | | | ||  ||||  | || |||| || |||||   ||||| |||    ||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||   || |  | |    || |     | | | |  |     | |||       ||||  ||   || |||  | |  |    |  |||    |    ||   |   ||    ||| |||  |   |    ||||||   ||||
AAAATGCTCGTGTAGGTCTTCTGTTTAATGCCAATCGGAGTCCTAATTTGTTTAGCCTCCTATTTGTTAAGGTCTTTGAAATCACTGCATCCTTGTATAGgtatgt---gtttggattttgcttttaattcaaaagctggttgaattttaatagattgtttaatttcaattctgtgatttagtcaattcctttccgaagttgaagcaccatttttatatcaaatgtttgaacgcatggtgt---gcag