Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGCAGAGATTGCTTCTGCCCCAAAATGAGGCAGCACAAGCTGGGACCCGGTACAATGTGCCCTTGATGAACTCCCTTGTCCTTTATGTGGGAATGCAGgtaatgtgctccctgctccccctcccttttttattttttattttttttatttctctctcaccttgtaagttttggttaagtaacaaaccgttggttctctttgtattattgagataatctctttggtttattaatctccaagtggatgtatgtattgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0144g00010.t01
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0144g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA03G27270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 49
AAAGCAGAGATTGCTTCTGCCCCAAAATGAGGCAGCACAAGCTGGGACCCGGTACAATGTGCCCTTGATGAACTCCCTTGTCCTTTATGTGGGAATGCAGgtaatgtgctccctgctccccctcccttttttattttttattttttttatttctctctcaccttgt-aagttttggttaagtaacaaaccgttggttctctttgtattattgagataatctctttggtttattaatctccaagtggatgtatgtattgcag
 ||| | |   |||||||  | |  ||||| |||||    |||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||||||||||       |  |          | |||  |||||     |   || ||   ||  | |||   |  |||||     || |    ||   |  |||||     | |||                                                    
GAAGGATAAGATGCTTCTCTCACCCAATGAAGCAGCCTCTGCTGGGACTCGATACAATGTGCCGTTAATTAACTCCCTTGTGCTATATGTTGGAATGCAGgta-------ctttaaattggaaacttttaatatttgcctctgcattaatgagtcaataaccacattgagtttcaa--aattgttgaagtttgtgttctaagcatgtta----------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34543098|gb|CF511330.1|CF511330
EST:     GGTACAATGTGCCCTTGATGAACTCCCTTGTCCTTTATGTGGGAATGCAG                         ACCATCCAGCAATTACAAACAAAAAGCTCGCCTCCACTTGCACAGCAGATG
genomic: GGTACAATGTGCCCTTGATGAACTCCCTTGTCCTTTATGTGGGAATGCAGgtaatgtgct ... tgtattgcagACCATCCAGCAATTACAAACAAAAAGCTCGCCTCCACTTGCACAGCAGATG
EST: gi|110731518|gb|EE106001.1|EE106001
EST:     GGTACAATGTGCCCTTGATGAACTCCCTTGTCCTTTATGTGGGAATGCAG                         ACCATCCAGCAATTACAAACAAAAAGCTCGCCTCCACTTGCACAGCAGATG
genomic: GGTACAATGTGCCCTTGATGAACTCCCTTGTCCTTTATGTGGGAATGCAGgtaatgtgct ... tgtattgcagACCATCCAGCAATTACAAACAAAAAGCTCGCCTCCACTTGCACAGCAGATG