Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACAAGAAGGTGAAGGACGTTGTTAACGAGAAAGCTTCGAGCGGTGATGAAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaaaaggggaattgaagaaaaaatctatgttttcctttcttttcccttcttttctttctggaattcgatcaattatggactgaaattgttttgctcatgtctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g01000.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34319883|gb|CF372637.1|CF372637
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110687647|gb|EE065295.1|EE065295
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110713363|gb|EE089218.1|EE089218
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110706009|gb|EE083511.1|EE083511
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|29785121|gb|CB341860.2|CB341860
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGACGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|34362853|gb|CF404438.1|CF404438
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|27755132|gb|CB035887.1|CB035887
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|30125670|gb|CB911009.1|CB911009
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|34362434|gb|CF404019.1|CF404019
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|351042329|gb|FQ442796.1|FQ442796
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110694715|gb|EE072065.1|EE072065
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|351027186|gb|FQ440054.1|FQ440054
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|27581651|gb|CB004346.1|CB004346
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|161720567|gb|FC070933.1|FC070933
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|351057191|gb|FQ450898.1|FQ450898
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|156738823|gb|EV242944.1|EV242944
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|56408611|gb|CX016863.1|CX016863
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|349825229|gb|FQ417950.1|FQ417950
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAG
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAG
EST: gi|27586318|gb|CB009013.1|CB009013
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110706598|gb|EE082262.1|EE082262
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110709002|gb|EE084091.1|EE084091
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110686080|gb|EE063364.1|EE063364
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|18459843|gb|BM438121.1|BM438121
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110712183|gb|EE089512.1|EE089512
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|351046279|gb|FQ442657.1|FQ442657
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|30322130|gb|CD005392.1|CD005392
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110692404|gb|EE071610.1|EE071610
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|27755188|gb|CB035943.1|CB035943
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCT
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCT
EST: gi|351042333|gb|FQ442800.1|FQ442800
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|294967108|gb|GW839983.1|GW839983
EST:     GCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGT
genomic: GCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110686209|gb|EE063605.1|EE063605
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|352777306|gb|FQ473940.1|FQ473940
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGC
EST: gi|110724312|gb|EE100031.1|EE100031
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110710147|gb|EE086230.1|EE086230
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|18459417|gb|BM437695.1|BM437695
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|30256256|gb|CB972099.1|CB972099
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|30300773|gb|CB977567.1|CB977567
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|352773187|gb|FQ470802.1|FQ470802
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGGCTTCTTTCGATATG
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGG-CT-CTTTCGATATG
EST: gi|110710088|gb|EE086115.1|EE086115
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|351018382|gb|FQ439194.1|FQ439194
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|51989815|gb|CV179270.1|CV179270
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110732374|gb|EE107606.1|EE107606
EST:     AAAACAAAGAACAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAAAG                         TGGGAGGATCNTATGCAGAAAGGGCTC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTC
EST: gi|351051861|gb|FQ455275.1|FQ455275
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|56408573|gb|CX016825.1|CX016825
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|34362011|gb|CF403596.1|CF403596
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110712896|gb|EE088345.1|EE088345
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGANGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|71860307|gb|DT009362.1|DT009362
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110689967|gb|EE066653.1|EE066653
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|71861504|gb|DT010559.1|DT010559
EST:     GCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: GCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|27579531|gb|CB002226.1|CB002226
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110728457|gb|EE104040.1|EE104040
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110726736|gb|EE102778.1|EE102778
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110698832|gb|EE076778.1|EE076778
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTTCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|30297593|gb|CB974387.1|CB974387
EST:     AGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|33407232|gb|CF212859.1|CF212859
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         -GATCAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTG
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGG-AGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTG
EST: gi|27579501|gb|CB002196.1|CB002196
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|110720626|gb|EE096715.1|EE096715
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGGG                         G
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcag-
EST: gi|110720626|gb|EE096715.1|EE096715
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGGG                         G
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcag-
EST: gi|71863283|gb|DT012338.1|DT012338
EST:     CTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: CTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
EST: gi|156736179|gb|EV240293.1|EV240293
EST:     AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAG                         TGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC
genomic: AAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaa ... catgtctcagTGGGAGGATCGTATGCAGAAAGGGCTCTTTCGATATGATGTCACTGCTTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTACAAGAAGGTGAAGGACGTTGTTAACGAGAAAGCTTCGAGCGGTGATGAAAACAAAGAGCAGCCTGTGCCCTTCCTTGACTCTCTCGTTCTTGGAGAGgtaagagaaaaaggggaattgaagaaaaaatctatgttttcctttcttttcccttcttttctttctggaattcgatcaattatggactgaaattgttttgctcatgtctcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA