Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatagaaatgttgtgccattttacatttaagaaattttctgctatgatcttcttgagccagacatcagctcttgacgggagactactgattttcatttcagaggaatttagtacaaatgatatcttatatatatatcttttggcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0015g01010.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0015g01010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g46580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatagaaatgttgtg-ccattttacatttaagaaattttctgctatgatcttcttgag--ccagacatcagctcttgacgggagactactgattttcatttcagaggaatttagtacaaatgatatcttatatatatatcttttggcag
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||   ||   | | || |    |  | |     |  |  |    ||  |   |||  |    |   ||||   |  |                                                                
ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgaga-tggatttgacttgattagtctataacatatgagtaaaaagtaaaaacacactaaatctccaacctattgtctttgatatggtag---------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161718315|gb|FC067264.1|FC067264
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|161707433|gb|FC057709.1|FC057709
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|110702878|gb|EE079232.1|EE079232
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|110396453|gb|EC962139.1|EC962139
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|110729204|gb|EE105291.1|EE105291
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|71877000|gb|DT026055.1|DT026055
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|30256278|gb|CB972121.1|CB972121
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|46917987|gb|CN547316.1|CN547316
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|71860763|gb|DT009818.1|DT009818
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|110698392|gb|EE075834.1|EE075834
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|77579770|gb|DV218763.1|DV218763
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|110375001|gb|EC939952.1|EC939952
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|71855535|gb|DT004590.1|DT004590
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|37189469|gb|CF608818.1|CF608818
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|110687343|gb|EE064671.1|EE064671
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|71855094|gb|DT004149.1|DT004149
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
EST: gi|46917875|gb|CN547204.1|CN547204
EST:     ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAG                         GAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG
genomic: ATGTTGGACTACAATGTACCTGGAGgtgagaatag ... cttttggcagGAAAGCTAAATCGAGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAG