Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCCTTTGTGGGAGCTTCTCTGGTTCTCAATTGTAGCCAATATGTCTATCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaattactaaaacgcttcattggtacgtacttatgtaattttttttaacggtaaatttgagtacctttataaacgggtatgatattaactaatttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0122g00090.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0122g00090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA11G00210.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TGTTCCTTTGTGGGAGCTTCTCTGGTTCTCAATTGTAGCCAATATGTCTATCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaattactaaaacgct--tcattggtacgtactta-tgtaattttttttaacggtaaatttgagtacctttataaacgggtatgatattaactaatttt
||||||| ||||||||||| | ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |  ||  ||  | | |  ||  | | |||     | | ||||||| |||     |||     | | | |  |  ||    | | | ||   ||   || 
TGTTCCTATGTGGGAGCTTATTTGGTTCTCACTGGTTGCCAATATGTCTATCACGGGGATGAACTTTAGCCTCATGCTCAACTCCGTTGGATTCTACCAAgtatggttttatatcatgttcatcgcttggacggttaaactttaattttctttcttattaag---aatttcatccaataatctttttaaaatccccttgcttc

upper sequence: Vv18s0122g00090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA01G45700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TGTTCCTTTGTGGGAGCTTCTCTGGTTCTCAATTGTAGCCAATATGTCTATCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatt-actaaaacgcttcattggtacgtacttatgtaattttttttaacggtaaatttgagtacctttataaacgggtatgatattaactaatttt
||||||| ||||||||||| | ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |  || |||   |     |||    | || | |   |     | ||||||  ||| |||   | | | | || |     ||   ||   ||  ||  
TGTTCCTATGTGGGAGCTTATTTGGTTCTCACTGGTTGCCAATATGTCTATCACGGGGATGAACTTTAGCCTCATGCTCAACTCCGTTGGATTCTACCAAgtatggttttacttttatatcacat-atcatgttcatcgcttggactgtttaactttaattttcttttcttgtttagaatttcatccaatagtctttttaa

upper sequence: Vv18s0122g00090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G76670.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TGTTCCTTTGTGGGAGCTTCTCTGGTTCTCAATTGTAGCCAATATGTCTATCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaattactaaaacgcttcattggtacgtacttatgtaattttttttaacggtaaatttgagtacctttataaacgggtatgatattaactaatttt
||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |  |||||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    |  |  |  | ||   |  | ||   ||||   |||       |  ||   ||||| |    ||||  |    | | |  |||         
TGTTCCTCTTTGGGAGCTTCTCTGGTTCTCAATTGTTGCTAATATCTCTATCGCTGCTATGAACTTTAGTCTTATGCTCAACTCTGTTGGCTTCTATCAGgtaacttgtcttgga--gatttgctctttcgg--ttattcgattgaaa--gattgttgttttgattttgcttattcat---tttcactttag--------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71863220|gb|DT012275.1|DT012275
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|71890240|gb|DT039295.1|DT039295
EST:     GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|352763513|gb|FQ473216.1|FQ473216
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGATTGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|18458909|gb|BM437187.1|BM437187
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|352764235|gb|FQ471215.1|FQ471215
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAACATGATTCCTGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCCT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCC-T
EST: gi|351015703|gb|FQ427188.1|FQ427188
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|349822122|gb|FQ412386.1|FQ412386
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCCCACGCTAAACTCAATTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGAGGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|33406641|gb|CF212268.1|CF212268
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|71885432|gb|DT034487.1|DT034487
EST:     GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|351014386|gb|FQ437388.1|FQ437388
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGGGCATGATTCCGGTGGTATGTGTGACGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|349829126|gb|FQ419658.1|FQ419658
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|161711669|gb|FC058263.1|FC058263
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|349808132|gb|FQ403319.1|FQ403319
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA                         ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: gi|349826092|gb|FQ415897.1|FQ415897
EST:     TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCCATCAA                         ATTTCAAAACTGAAGCATGAT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGA-GCATGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTCCTTTGTGGGAGCTTCTCTGGTTCTCAATTGTAGCCAATATGTCTATCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaattactaaaacgcttcattggtacgtacttatgtaattttttttaacggtaaatttgagtacctttataaacgggtatgatattaactaatttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacggtaa