Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcatttgaccattttcttaaatatgatattttatccaagctgcattccattaatccatttctaacctttaccttgcttttctctcattctagttgt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g03830.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794480|gb|FQ481713.1|FQ481713
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|30251710|gb|CB969443.1|CB969443
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|349819285|gb|FQ412179.1|FQ412179
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351034940|gb|FQ458297.1|FQ458297
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351034901|gb|FQ458258.1|FQ458258
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351057222|gb|FQ450929.1|FQ450929
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351036114|gb|FQ463959.1|FQ463959
EST:     ATGGACCAGCTGGATACGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGTCTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351039397|gb|FQ461264.1|FQ461264
EST:     ATGGACCAGCTGGATACGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351034737|gb|FQ458094.1|FQ458094
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|30251561|gb|CB969294.1|CB969294
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351045198|gb|FQ451646.1|FQ451646
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|349808981|gb|FQ406831.1|FQ406831
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351036320|gb|FQ458695.1|FQ458695
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351032915|gb|FQ461804.1|FQ461804
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351037983|gb|FQ465221.1|FQ465221
EST:     ATGGACCAGCTGGATACGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351033705|gb|FQ462235.1|FQ462235
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351052004|gb|FQ450695.1|FQ450695
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|30251627|gb|CB969360.1|CB969360
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351032199|gb|FQ460456.1|FQ460456
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351046526|gb|FQ453142.1|FQ453142
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|110724658|gb|EE100678.1|EE100678
EST:     ATGGACCAGCCGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|30251641|gb|CB969374.1|CB969374
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|352798388|gb|FQ480413.1|FQ480413
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
EST: gi|351041669|gb|FQ455879.1|FQ455879
EST:     ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAA                         ATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT
genomic: ATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcattt ... gttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAGAAgtaagcatttgaccattttcttaaatatgatattttatccaagctgcattccattaatccatttctaacctttaccttgcttttctctcattctagttgt

- - - -  CAGCTG
- - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttctctc