Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctggtttttgaattaaatctatggtgatttccttcccattacacaaaagcatttaatgatgttggtacccaaaaaactctttctaaagtgtgatgtatacttgtttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g09740.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71888035|gb|DT037090.1|DT037090
EST:     GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG                         CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: gi|110732441|gb|EE107729.1|EE107729
EST:     GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG                         CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: gi|110711539|gb|EE088132.1|EE088132
EST:     GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG                         CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: gi|71858447|gb|DT007502.1|DT007502
EST:     GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG                         CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: gi|110684904|gb|EE062715.1|EE062715
EST:     GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG                         CCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT