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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGTGTTTATGGTCAGGATGCTTCAGCAATGGCAAACAGAAGTTCTAAGCTTCTGTTTTCAACTTCAAAGACAAAAAAACATGTTCGTCACTACCAACAGgtaatgccagattacatatctgaaacttgaatttttttacagttttcttatgaattctatttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g06640.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g06640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G32990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
TCGTGTTTATGGTCAGGATGCTTCAGCAATGGCAAACAGAAGTTCTAAGCTTCTGTTTTCAACTTCAAAGACAAAAAAACATGTTCGTCACTACCAACAGgtaat-----gccagattacatatctgaaact-tgaatttttttacagttttcttatgaattctatttgcag---------------------------------------------------
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GCGTGTCTACGGTCCAGACCCTTCAAAACCTTCCAACAGAAGTTCTAAGCTTCTTTTCTCAACTTCAATGACCCCAAATCATGTTCGCCACTACCAGCAGgtgatttaacgttgtgctattcataaagaattgtgaattgatt---agatagaatatctgtgctattcataatgaattgtgaattaattagcaaaatacactcttaagaagttttaaccacag