Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCATGGAGGCTGTGAAGGTTCGTGTCCAAACTCAGCCTGGTTTTGCCAGAGGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattctcttataaataatttgattttcataatttaatggtgtggatttgtactttctaaagacattaatttatatttttatccaattttgacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g00400.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110419582|gb|EC985821.1|EC985821
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|32245964|gb|CD711783.1|CD711783
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|110394034|gb|EC958407.1|EC958407
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|110723052|gb|EE099922.1|EE099922
EST:     GATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGGTCA-GTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAAGGTCTTGGTCCTCTAGGGGGAAC-ACAGATTTCCATAT
genomic: GATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTG-TCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGA-CGACAGATT-CCATAT
EST: gi|30305673|gb|CB982467.1|CB982467
EST:     TCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTCCAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: TCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|87586675|gb|DY474853.1|DY474853
EST:     GGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|160482081|gb|EY255058.1|EY255058
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|161719057|gb|FC066039.1|FC066039
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|110411522|gb|EC977239.1|EC977239
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|161705703|gb|FC056209.1|FC056209
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTAGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATG
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATG
EST: gi|30133244|gb|CB918583.1|CB918583
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGN                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|161721484|gb|FC070462.1|FC070462
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|161715501|gb|FC067093.1|FC067093
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|110405066|gb|EC970596.1|EC970596
EST:     GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGG                         GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattct ... attttgacagGTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCATGGAGGCTGTGAAGGTTCGTGTCCAAACTCAGCCTGGTTTTGCCAGAGGATTGTCGGATGGTCTTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGAAGGTGCTCTTGGgtaatattctcttataaataatttgattttcataatttaatggtgtggatttgtactttctaaagacattaatttatatttttatccaattttgacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG