Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAGATCGCTCGCAATGTCATCGCCATGGCCACTGGGGAAGCTCCTGCAGAGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattttacttttgtctcataaaaatgcattgtcttctcttgctgttgaagctgctagtgtattctctctttttttgacaagattgtttcttgaatgtgaag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g02500.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349833342|gb|FQ416720.1|FQ416720
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|28966442|gb|CB345475.1|CB345475
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|30320377|gb|CD003639.1|CD003639
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351053907|gb|FQ441673.1|FQ441673
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTCGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349810795|gb|FQ403038.1|FQ403038
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|29785922|gb|CB343280.2|CB343280
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351027229|gb|FQ444478.1|FQ444478
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351037130|gb|FQ456963.1|FQ456963
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAGGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110377310|gb|EC942375.1|EC942375
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349832757|gb|FQ422281.1|FQ422281
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTCCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351027843|gb|FQ448413.1|FQ448413
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349826381|gb|FQ417878.1|FQ417878
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351025129|gb|FQ433546.1|FQ433546
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110386339|gb|EC950927.1|EC950927
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110371870|gb|EC935997.1|EC935997
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349825430|gb|FQ419347.1|FQ419347
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351020374|gb|FQ445981.1|FQ445981
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|26263771|gb|CA814834.1|CA814834
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110370958|gb|EC934607.1|EC934607
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|34320137|gb|CF372891.1|CF372891
EST:     GAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: GAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349828161|gb|FQ415489.1|FQ415489
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351043958|gb|FQ431389.1|FQ431389
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110382385|gb|EC939338.1|EC939338
EST:     AGGTTGGTACAAATGAGGTGCCAGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349824211|gb|FQ417598.1|FQ417598
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349825844|gb|FQ423139.1|FQ423139
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351012169|gb|FQ426891.1|FQ426891
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349828840|gb|FQ419173.1|FQ419173
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349828571|gb|FQ417313.1|FQ417313
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110370897|gb|EC934497.1|EC934497
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|26262848|gb|CA813911.1|CA813911
EST:     TACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: TACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349829194|gb|FQ419670.1|FQ419670
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349828162|gb|FQ415490.1|FQ415490
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|29785480|gb|CB342522.2|CB342522
EST:     AGGTTGGTACAATTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349830164|gb|FQ420424.1|FQ420424
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349829701|gb|FQ421219.1|FQ421219
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351028636|gb|FQ446309.1|FQ446309
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351020181|gb|FQ445788.1|FQ445788
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351043743|gb|FQ431295.1|FQ431295
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349826694|gb|FQ418785.1|FQ418785
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110394208|gb|EC959534.1|EC959534
EST:     AAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349808637|gb|FQ405781.1|FQ405781
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351047319|gb|FQ451831.1|FQ451831
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAGGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|29784549|gb|CB345412.2|CB345412
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351025965|gb|FQ427977.1|FQ427977
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351019979|gb|FQ439796.1|FQ439796
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351013513|gb|FQ425544.1|FQ425544
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351018592|gb|FQ424699.1|FQ424699
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351017735|gb|FQ436088.1|FQ436088
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351013914|gb|FQ434066.1|FQ434066
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349819651|gb|FQ413535.1|FQ413535
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|26265833|gb|CA816896.1|CA816896
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|18458347|gb|BM436625.1|BM436625
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110237507|gb|EC907678.1|EC907678
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCAGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351051972|gb|FQ450663.1|FQ450663
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349828760|gb|FQ418495.1|FQ418495
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351030422|gb|FQ432360.1|FQ432360
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349827266|gb|FQ421539.1|FQ421539
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351012825|gb|FQ430388.1|FQ430388
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349826237|gb|FQ416042.1|FQ416042
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTCGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349828807|gb|FQ419140.1|FQ419140
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351024478|gb|FQ426287.1|FQ426287
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349827190|gb|FQ421463.1|FQ421463
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAGGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|110379659|gb|EC944871.1|EC944871
EST:     AGGTTGGTACAAATGAGGTGCCAGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351027636|gb|FQ446803.1|FQ446803
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|349830330|gb|FQ420590.1|FQ420590
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351040164|gb|FQ425250.1|FQ425250
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGACT                         TGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAGTTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGGT
EST: gi|351017997|gb|FQ439163.1|FQ439163
EST:     AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCT                         TGGGACAAAGATTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGG
genomic: AGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattt ... gaatgtgaagTGGGACAAAG-TTGAAGATAAGTATGCAGTGAGCTCCCTTGCAGCAGCTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAAGATCGCTCGCAATGTCATCGCCATGGCCACTGGGGAAGCTCCTGCAGAGGTTGGTACAACTGAGGTGCCGGAGATTATCAAAACAGTTCAAGAGGCTgtaagaattttacttttgtctcataaaaatgcattgtcttctcttgctgttgaagctgctagtgtattctctctttttttgacaagattgtttcttgaatgtgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG