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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgattgaatactactttgcctcttgttcaatctggctctttgatttatggtaattccaaggaattaaaatgtttcttgtgcttagttggtaatagcttttttttattccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g03520.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351037054|gb|FQ465046.1|FQ465046
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|30255051|gb|CB971498.1|CB971498
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110701264|gb|EE078642.1|EE078642
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351014077|gb|FQ434229.1|FQ434229
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351029490|gb|FQ436884.1|FQ436884
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110722626|gb|EE099031.1|EE099031
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110689404|gb|EE065600.1|EE065600
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|294966590|gb|GW837725.1|GW837725
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351052425|gb|FQ452458.1|FQ452458
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110369745|gb|EC933913.1|EC933913
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTCCGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|30323265|gb|CD006527.1|CD006527
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|30296186|gb|CB972980.1|CB972980
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTCCGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110374344|gb|EC939025.1|EC939025
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|349826399|gb|FQ417896.1|FQ417896
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|349822047|gb|FQ408376.1|FQ408376
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAGGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|30253357|gb|CB970908.1|CB970908
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351056098|gb|FQ453560.1|FQ453560
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|349808339|gb|FQ405483.1|FQ405483
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|30254481|gb|CB971226.1|CB971226
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|156736254|gb|EV240375.1|EV240375
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110388071|gb|EC952787.1|EC952787
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|161711444|gb|FC061209.1|FC061209
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTCCGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|349824204|gb|FQ417591.1|FQ417591
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|37189632|gb|CF608981.1|CF608981
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAAAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAAAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351019470|gb|FQ429605.1|FQ429605
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|27579428|gb|CB002123.1|CB002123
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|27580564|gb|CB003259.1|CB003259
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351053383|gb|FQ455719.1|FQ455719
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|77584263|gb|DV221204.1|DV221204
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110708707|gb|EE086556.1|EE086556
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|351019263|gb|FQ429423.1|FQ429423
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|71867285|gb|DT016340.1|DT016340
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|349833445|gb|FQ420191.1|FQ420191
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|161717186|gb|FC064703.1|FC064703
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|33406828|gb|CF212455.1|CF212455
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTCCGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|27579427|gb|CB002122.1|CB002122
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110400084|gb|EC966626.1|EC966626
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTCCGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|33410547|gb|CF216174.1|CF216174
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTCCGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
EST: gi|110707835|gb|EE084684.1|EE084684
EST:     GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAG                         GTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG
genomic: GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgatt ... tttattccagGTTATTACAGTTGGGGTTGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGCTACTCCACAGATGTTAGAGTTCATGCGGAAACTACGGAAGgtacttgattgaatactactttgcctcttgttcaatctggctctttgatttatggtaattccaaggaattaaaatgtttcttgtgcttagttggtaatagcttttttttattccag

- - - - - - CAGATG