1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CAACTTGACGAAGCATTCGTCGTATTTGATATACAACGCGGTTCTCTACTTTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgtttttgggttctcctttttgcattttctattaataaaaaaatttcttcattatgtttcatttttgtggtcctaatcatgattacgggtatcag...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0219g00120.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTCATCEST: gi|351045861|gb|FQ441046.1|FQ441046
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|351030795|gb|FQ438633.1|FQ438633
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|349811028|gb|FQ406016.1|FQ406016
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|110699274|gb|EE076127.1|EE076127
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|294966259|gb|GW837510.1|GW837510
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|349820300|gb|FQ403916.1|FQ403916
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|349809992|gb|FQ398617.1|FQ398617
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|161711864|gb|FC059173.1|FC059173
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATEST: gi|110696243|gb|EE075180.1|EE075180
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGAT
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|110724366|gb|EE100141.1|EE100141
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATCEST: gi|34549515|gb|CF517747.1|CF517747
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
EST: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAG ATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
genomic: TTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgttt ... tttattacagATGATACCTGTGGCTGCAAATGATGTTGCTTTCTCAATTCATGCTGTTATC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAACTTGACGAAGCATTCGTCGTATTTGATATACAACGCGGTTCTCTACTTTAGCTCTGCTGTCCAGAGGCAGTACCGTGAGAAATATGGAATTGGACAGgtttgtgtttttgggttctcctttttgcattttctattaataaaaaaatttcttcattatgtttcatttttgtggtcctaatcatgattacgggtatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa