Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCCTTCTCACAAAGGATTCTGCTGACTCTCGAGGAAAAACATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatggtgttcctttttttttttttttgttttttacatgcaattatcaccttattaaccatatgaaggttttcttcttgttgtttttttttataagctag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0006g00630.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0006g00630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G04510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
-GTCCCTTCTCACAAAGGATTCTGCTGACTCTCGAGGAAAAACATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatggtgttcctttttttttttttttgttttttacatgcaattatcacctta--------ttaaccatatgaaggttttcttcttgttgtttttttttataagctag----------------------------
 | || || |  |||||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |   |    | | |||||||  |||||     |||    ||   ||||    ||        | | ||| |       |  |   |  |  |  |  |||||  | |                              
GGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGCTGCTGACACTGGAGGAAAAACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttctgctccatttttttcctttttcccccttttagagctgctatctttgtaaaattgaatcagccacagaccacatgcccgatcctcatactactttatttgttttcttccttatattttgttttgttggtcta

upper sequence: Vv14s0006g00630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA11G33700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GTCCCTTCTCACAAAGGATTCTGCTGACTCTCGAGGAAAAACATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaa-----------------ttatggtgttcctttttttttttttttgttttttacatgcaattatcaccttattaa------------------ccatatgaaggtttt-cttcttgttgtttttttttataagctag-
| || || |  |||||| |  ||||||| || |||||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |                 ||  | |  |  | ||| |||| |||| ||||     |  |  |   | |||  |||                  ||| ||||   | || || |||  | |||| |||| |  | |   
GCCCTTTTTGCCAAAGGGTGTTGCTGACACTGGAGGAAAAACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttctgctccatttatttgagctaattttatttattttattttattttccttttagagctgctatcttcataaaactgagtcatctacagaccacatgatcctcttactactttatattttgttttgttggtttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110719968|gb|EE095537.1|EE095537
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349817724|gb|FQ407713.1|FQ407713
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|33402764|gb|CF208391.1|CF208391
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26265541|gb|CA816604.1|CA816604
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|351024071|gb|FQ423494.1|FQ423494
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|33404427|gb|CF210054.1|CF210054
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349826855|gb|FQ418946.1|FQ418946
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|110691855|gb|EE070437.1|EE070437
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|351046545|gb|FQ453161.1|FQ453161
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|294966595|gb|GW837730.1|GW837730
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|77577773|gb|DV217632.1|DV217632
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26261684|gb|CA812747.1|CA812747
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26262274|gb|CA813337.1|CA813337
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|37190755|gb|CF610104.1|CF610104
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26263937|gb|CA815000.1|CA815000
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGACGCTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349809187|gb|FQ398960.1|FQ398960
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349827950|gb|FQ422818.1|FQ422818
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349814904|gb|FQ410127.1|FQ410127
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAGCTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA