Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgccttctaattttctaacaaaatcataacccataatgtacttatcgaaatttatctgtgttttccttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g02950.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0067g02950.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G40600.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgccttctaattttctaacaa----aatcataacccataatgtacttat-cgaaatttatctgtgttttccttag-----------
|| |||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||||||||| ||  ||   ||  | |  |      ||||  |  ||||  |||  || | |     | |||||   | |  |||            
GTCAATCCAGCAAATGAGCGTATGTTAGGTGGTGGTGGTGCTGATGGAGgta-tgttttaggatcctttgtcctgttcaatccaatgccattgtgtgattgtgctggtgtaatctgaaatctgattatgtatgtgacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351034809|gb|FQ458166.1|FQ458166
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|71876452|gb|DT025507.1|DT025507
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|351014566|gb|FQ437568.1|FQ437568
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|349812975|gb|FQ411215.1|FQ411215
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|34550530|gb|CF518748.1|CF518748
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|110690444|gb|EE067550.1|EE067550
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|351014429|gb|FQ437431.1|FQ437431
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|34550147|gb|CF518365.1|CF518365
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGGCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|349815351|gb|FQ400506.1|FQ400506
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: gi|71858450|gb|DT007505.1|DT007505
EST:     GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG                         CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgccttctaattttctaacaaaatcataacccataatgtacttatcgaaatttatctgtgttttccttag

- - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA