1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTATTTGTGGAGAAATCTGTGAACAAGACCGTGCTTGTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTGgtgatacttcaactctagctttgttctgagcaatagtgtgtgtgaattcaaatatgtacttttggtctatatttatcagttatattgatggaatggaaga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0064g00580.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTG ATCAGGACGATGAAAATGAAATAGTTACTGAAAATGCAGCATTTGTGCATGEST: gi|110385321|gb|EC949833.1|EC949833
genomic: GTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTGgtgatacttc ... ttccttacagATCAGGACGATGAAAATGAAATAGTTACTGAAAATGCAGCATTTGTGCATG
EST: GTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTG ATCAGGACGATGAAAATGAAATAGTTACTGAAAATGCAGCATTTGTGCATGEST: gi|30304226|gb|CB981020.1|CB981020
genomic: GTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTGgtgatacttc ... ttccttacagATCAGGACGATGAAAATGAAATAGTTACTGAAAATGCAGCATTTGTGCATG
EST: GTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTG ATCAGGACGATGAAAATGAAATAGTTACTGAAAATGCAGCATTTGTGCATG
genomic: GTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTGgtgatacttc ... ttccttacagATCAGGACGATGAAAATGAAATAGTTACTGAAAATGCAGCATTTGTGCATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATTTGTGGAGAAATCTGTGAACAAGACCGTGCTTGTTGATTTGAAGAATGGAGGATGTGGAGGAGCTGCAAAGTCAAAAACCTGgtgatacttcaactctagctttgttctgagcaatagtgtgtgtgaattcaaatatgtacttttggtctatatttatcagttatattgatggaatggaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatggaa