Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTGCCTTCTCAGCAGGACATACTTAGATGTCCATTTTTGAGGAACATCAATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatttcttctgctcacttccctttgcacatgaagttattcttctaaatattgccataagattttatttcatctggatcccaatgagttcatggt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g03990.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g03990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G35680.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTGCCTTC--TCAGCAGGACATACTTAGATGTCCATTTTTGAGGAACATCAATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatttcttctgctcacttccctttgcacatgaagttattcttctaaatattgccataagattt--tatttcatctggatcccaatgagttcatggt
   | | |   | || |    || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| ||    |||||  ||||||| ||||||||||||||||||      |  |        ||  ||  | |  || |  ||     |      ||  | |||  | |  | |         | ||||   ||| |
--AGACATAAATGAGGACTCTATGCTTAGATGTCCATTCTTGAGGAACATCAATGAGCCTACTAACTTCTCATTCTTTTCACCTTTGGCTTTACCAATGCCTgtaagttatcctccatagttgacataattctcattttatcttttattttagcctgcatgtatgggttttgctgtgaccttccatgtttactgaga--atgat

upper sequence: Vv13s0019g03990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G31850.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTGCCTTC--TCAGCAGGACATACTTAGATGTCCATTTTTGAGGAACATCAATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatttcttctgctcacttccctttgcacatgaagttattcttctaaatattgccataagattttatttcatctggatcccaatgagttcatggt---
   | | |   | || |    || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||||||||      |  |        ||  ||  | |  || |  ||     |      ||  | |||  | | | ||   |||   |   || |   |   
--AGACATAAATGAGGATTCTATGCTTAGATGCCCATTCTTGAGGAACATCAATGAGCCTACTAACTTCTCATTCTCTTCACCTTTGGCTTTACCAATGCCTgtaagttatcctccatagttgacataattctcattttatcttttattttagcctgcatgtatgggttttgctgtgacct---tccatgtttattgagaatgat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351030947|gb|FQ438983.1|FQ438983
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|352787123|gb|FQ477743.1|FQ477743
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|161708444|gb|FC056553.1|FC056553
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|351024673|gb|FQ433088.1|FQ433088
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAGAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|71860360|gb|DT009415.1|DT009415
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|26263719|gb|CA814782.1|CA814782
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|71865159|gb|DT014214.1|DT014214
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|110698137|gb|EE075803.1|EE075803
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|294963982|gb|GW836857.1|GW836857
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|161719344|gb|FC068284.1|FC068284
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG
EST: gi|33409872|gb|CF215499.1|CF215499
EST:     ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCT                         GTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATCTTGATATG
genomic: ATGAACCCACAAATTTCTCCTTTGCCTCACCCATGGCTTTCCCAATGCCTgtaagttatt ... ttctgcacagGTGCGTGGAGCAAAAGGTCCAATTTTTGAAGATGGTCCCAATTTTGATATG