Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatttttgcctattttacaaatccaaaaattcatgcaaagcttagatggtgctaatatgggatgggtgcatcatttgtaatagttgttatagac...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0057g01200.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110398909|gb|EC965389.1|EC965389
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|71859096|gb|DT008151.1|DT008151
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110701385|gb|EE078893.1|EE078893
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|161717757|gb|FC064725.1|FC064725
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|71866622|gb|DT015677.1|DT015677
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|161712803|gb|FC062326.1|FC062326
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110398035|gb|EC964108.1|EC964108
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|32269649|gb|CD718808.1|CD718808
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|71875811|gb|DT024866.1|DT024866
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110723077|gb|EE099979.1|EE099979
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110686757|gb|EE064757.1|EE064757
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|161720962|gb|FC070684.1|FC070684
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110698167|gb|EE075418.1|EE075418
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAACAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110685325|gb|EE063616.1|EE063616
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|34543095|gb|CF511327.1|CF511327
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|77587675|gb|DV223012.1|DV223012
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTCGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110702702|gb|EE078902.1|EE078902
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|110364569|gb|EC927918.1|EC927918
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
EST: gi|77586011|gb|DV222101.1|DV222101
EST:     GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAG                         ATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA
genomic: GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatt ... ttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGGCTCCAGCAGCAGCAGCTTCAATAAAGCCTAGAGgtgttttatttttgcctattttacaaatccaaaaattcatgcaaagcttagatggtgctaatatgggatgggtgcatcatttgtaatagttgttatagac

- - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaatt