Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaagttatgagtccaatgttctagactcaattagagttagccatgtttgtggctttcacataatttgaaataggaactattgtattcatttgga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0028g00960.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351022225|gb|FQ438810.1|FQ438810
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAGGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|110712808|gb|EE088180.1|EE088180
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|349819154|gb|FQ412048.1|FQ412048
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|349811692|gb|FQ409689.1|FQ409689
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|351029870|gb|FQ427710.1|FQ427710
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|351027652|gb|FQ446819.1|FQ446819
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|349828503|gb|FQ417245.1|FQ417245
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|349830020|gb|FQ420280.1|FQ420280
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|294967171|gb|GW840046.1|GW840046
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGACGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCATACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|28959461|gb|CB339731.1|CB339731
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAA-GCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|349822698|gb|FQ412962.1|FQ412962
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|349824582|gb|FQ413249.1|FQ413249
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|29785565|gb|CB342700.2|CB342700
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|351014636|gb|FQ437638.1|FQ437638
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGACCTAATGCTTCACACA
EST: gi|110711026|gb|EE087755.1|EE087755
EST:     AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG                         TGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGGGAC-TAATGCTTCACAC
genomic: AACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaag ... tcttctgcagTGTGGTGCAGAAGGACCGACGAGCTTGTGGATGG-ACCTAATGCTTCACAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGgtaagcaaagttatgagtccaatgttctagactcaattagagttagccatgtttgtggctttcacataatttgaaataggaactattgtattcatttgga

- - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaatag