Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCCTTGCTGAAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttgattaatctttgttgacttttttttttttttggaattttatggggtttttagtaaataaaattattgaataaatgacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0052g00880.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352773726|gb|FQ472508.1|FQ472508
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|37183853|gb|CF603207.1|CF603207
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352782404|gb|FQ470307.1|FQ470307
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352768454|gb|FQ469630.1|FQ469630
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352781804|gb|FQ469102.1|FQ469102
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACCAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|161721502|gb|FC069730.1|FC069730
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352773660|gb|FQ472442.1|FQ472442
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAAGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352768225|gb|FQ469400.1|FQ469400
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352774217|gb|FQ474740.1|FQ474740
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352776602|gb|FQ474904.1|FQ474904
EST:     AAAAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACCAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|161720998|gb|FC070701.1|FC070701
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGG
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGG
EST: gi|352777575|gb|FQ466628.1|FQ466628
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352781981|gb|FQ469279.1|FQ469279
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|71863842|gb|DT012897.1|DT012897
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352782151|gb|FQ470053.1|FQ470053
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
EST: gi|352772720|gb|FQ473758.1|FQ473758
EST:     AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTG                         GATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA
genomic: AAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttga ... taaatgacagGATGATTATGCTGGTGATGATGACGAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCCTTGCTGAAGAAGCCAAAGCTCGGTATGAAAAGGCGATCTTCAAAGTTGTTGATTTGgtaggtttgattaatctttgttgacttttttttttttttggaattttatggggtttttagtaaataaaattattgaataaatgacag

- - - - - AAGAAG
- - - - -  AGAAGC