1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CTGCCACATTTCTAAAACCAGATACAAGCAAAGGTGGAGGGATGGATCCTGGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAGgtaagctcattagaagaaatgtgatgatggcttacctttaatcctatctaatgatgcagctcgtactttaattagctctcacttttattgttagaccatc...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0016g00360.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAG TATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAGAAAAATGTGGCTCATCGACGAATEST: gi|26257927|gb|CA808990.1|CA808990
genomic: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAGgtaagctcat ... tatcttccagTATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAGAAAAATGTGGCTCATCGACGAAT
EST: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAG TATGGTGATTAAAGGAGTTGTTTGTAAGEST: gi|71888025|gb|DT037080.1|DT037080
genomic: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAGgtaagctcat ... tatcttccagTATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAG
EST: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAG TATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAGAAAAATGTGGCTCATCGACGAATEST: gi|71882383|gb|DT031438.1|DT031438
genomic: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAGgtaagctcat ... tatcttccagTATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAGAAAAATGTGGCTCATCGACGAAT
EST: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAG TATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAGAAAAATGTGGCTCATCGACGAAT
genomic: GGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAGgtaagctcat ... tatcttccagTATGGTGGTTAAAGGAGTTGTTTGTAAGAAAAATGTGGCTCATCGACGAAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGCCACATTTCTAAAACCAGATACAAGCAAAGGTGGAGGGATGGATCCTGGTGGTTATGTGAAAGTTAAATGCATAGCTTGTGGGCATCGTAGTGAGAGgtaagctcattagaagaaatgtgatgatggcttacctttaatcctatctaatgatgcagctcgtactttaattagctctcacttttattgttagaccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctcac