Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTATGCAAAGCTGATCTTATGGATTATGAGAGTCTGAAAGAGGCCATCAATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttcttatctctgttttccccgaggaaaaaagaaagaaaaaataaggaattttatatttggtgcgttggtagttggtgtaagcaatgacaatcatt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0070g00240.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161714382|gb|FC063223.1|FC063223
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71856853|gb|DT005908.1|DT005908
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161714058|gb|FC063794.1|FC063794
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161717599|gb|FC067886.1|FC067886
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71873555|gb|DT022610.1|DT022610
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161714328|gb|FC062629.1|FC062629
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110383896|gb|EC948301.1|EC948301
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110710498|gb|EE086896.1|EE086896
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71856625|gb|DT005680.1|DT005680
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71866385|gb|DT015440.1|DT015440
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161719483|gb|FC066419.1|FC066419
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110686121|gb|EE063440.1|EE063440
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71854899|gb|DT003954.1|DT003954
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161713112|gb|FC062476.1|FC062476
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161717105|gb|FC066553.1|FC066553
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161710559|gb|FC059370.1|FC059370
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71858156|gb|DT007211.1|DT007211
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGCTGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110708939|gb|EE083965.1|EE083965
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161712542|gb|FC061847.1|FC061847
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|161717252|gb|FC067258.1|FC067258
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110384860|gb|EC949326.1|EC949326
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGAGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110685724|gb|EE062693.1|EE062693
EST:     ATGGGTGTCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110732417|gb|EE107684.1|EE107684
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|71856973|gb|DT006028.1|DT006028
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|77582495|gb|DV220225.1|DV220225
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
EST: gi|110383367|gb|EC947736.1|EC947736
EST:     ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCA                         GAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA
genomic: ATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttctt ... atttttgaagGAAGAGATGGTGGAACCAGCCGTGAATGGAACAAAGAATGTGATAATAGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTATGCAAAGCTGATCTTATGGATTATGAGAGTCTGAAAGAGGCCATCAATGGGTGCCATGGAGTTTTCCACACTGCTTCTCCTGTCACCGATGATCCAgtgagttcttatctctgttttccccgaggaaaaaagaaagaaaaaataaggaattttatatttggtgcgttggtagttggtgtaagcaatgacaatcatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaggaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgacaa