Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAGGATGCTTAGAGAAGAGTTGCAACTTCTTCAGGAGCCTGGATCATATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtgggattttttttggctttttccttattggcaaattgctttaccttgcttggagatattcgttcatcatttttgtatttttttcctctttaatta...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g05800.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g39870.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TGAGGATGCTTAGAGAAGAGTTGCAACTTCTTCAGGAGCCTGGATCATATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtgggattt--tttttggctttttccttattggcaaattgctttacct-tgcttggagatattcgttcatcatttttgtatttttttcctctttaatta
| |  | |||  | ||||||||| |  | || || || || || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| |||||   |    |||  ||| | || ||||| ||| ||     ||    ||  | |||       | ||  ||      |  |         |  | |||  |  
TTATAACGCTGGGGGAAGAGTTGAAGGTGCTCCATGAACCGGGCTCATATGTTGGTGAGGTTGTCAAGGTTATGGGCAAGTCCAAGGTTCTAGTGAAGgtacatatcctttgctttcttgccttttc-ttagtgctgtgttttagtatttgtgcacatgagtgttgctttggagataatcggggaagataatattttgt--

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G107362_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TGAGGATGCTTAGAGAAGAGTTGCAACTTCTTCAGGAGCCTGGATCATATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtgggattttttttggctttttccttattggcaaattgctttaccttgcttggagatattcgttcatcatttttgtatttttttcctctttaatta----
| || ||||| || |||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||  | || ||||| | |  | |    |   |    | | | ||  | | ||   | |    |||||  |  |||| |||| |   | || |||         ||| ||  |    
TTAGAATGCTCAGGGAAGAGTTGCAGTTGCTTCAAGAGCCTGGCTCATATGTTGGTGAGGTGGTGAAGGTCATGGGGAAATCAAAGGTTCTGGTGAAGgtaattttgctacgctacagtcagtacttcatatgaatatcattct---ctgcttaaaagtatttgttc-ttgctattatataaaacagagcttaaaggagttt

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G137528_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TGAGGATGCTTAGAGAAGAGTTGCAACTTCTTCAGGAGCCTGGATCATATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtgggattttttttg--gctttttccttattggcaaattgctttaccttgcttggagatattcgttcatcatttttgtatttttttcctctttaatta--
| || ||||| || |||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||  | || ||||| | |      |  |     |      | | ||  | | ||   || |   |||||  |  ||||  ||| || || || |||         ||| ||| |  
TTAGAATGCTCAGGGAAGAGTTGCAGTTGCTTCAAGAGCCTGGCTCATATGTTGGTGAGGTGGTGAAGGTCATGGGGAAATCAAAGGTTCTGGTGAAGgtaattttttcctactccacagtcaggacatcatatggatatcatttaa---tgcttaaaagtatttattcttc-ttgttatataaaacaaagcttgaataaga

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G24000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TGAGGATGCTTAGAGAAGAGTTGCAACTTCTTCAGGAGCCTGGATCATATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtgggattttttttggctttttccttattg-gcaaattgctttaccttgcttggagatattcgttcatcatttttgtatttttttcctctttaatta
||||||||||  | ||||| || || ||| | ||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||   || ||| | || ||||| |        |   ||   ||||   | |||  || |       | | |   |       ||   | | |  ||||  ||| || || |  ||   || 
TGAGGATGCTGCGCGAAGAATTACAGCTTTTGCAGGAACCAGGCTCTTATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTCATGGGCAAGAACAAAGTCCTTGTCAAGgtcacctcatcctccattcctttttctttcatttcgctacccatccttcatcaatacactccatctatacttggttttgttatattctttcatttacttt-

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G19990.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TGAGGATGCTTAGAGAAGAGTTGCAACTTCTTCAGGAGCCTGGATCATATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtgggattttttttggctttttccttattggcaaattgctttaccttgcttggagatattcgttcatcatttttgtatttttttcctctttaatta
|||| ||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||| |||   |||||||| ||||||||   ||    ||||||             |||  ||   || ||    ||    | | ||| | ||   | |   ||  | |    |  ||        
TGAGAATGCTCAGAGAAGAGTTACAGCTCCTTCAAGAACCTGGGTCCTATGTGGGAGAAGTGGTAAAAGTTATGGGAAAGAACAAGGTCTTGGTTAAGgt--atgaatctttttt-------------attatca---tgtttgtatttctacgaacatagttgtcagtaaggcttacactcccattttccag-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110393121|gb|EC958077.1|EC958077
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110698891|gb|EE076909.1|EE076909
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|156737153|gb|EV241267.1|EV241267
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110713901|gb|EE090225.1|EE090225
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|26256905|gb|CA807968.1|CA807968
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110699382|gb|EE076332.1|EE076332
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110707762|gb|EE084531.1|EE084531
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|71861768|gb|DT010823.1|DT010823
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|294964426|gb|GW838229.1|GW838229
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|30322287|gb|CD005549.1|CD005549
EST:     GGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: GGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|161713411|gb|FC063391.1|FC063391
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|161716828|gb|FC068100.1|FC068100
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|71858853|gb|DT007908.1|DT007908
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATTT
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAG-TATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATAT