Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCATGTTGATGTTCTAAAACTCGACCTTTGCTCAATGAAGTCCATTAGGGCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctctctctctctctctctctctctctctctctgattcttagtacaagcatgatacttttgatcttcaattccaccaaccctaaccattcaccttaattttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g03400.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71872354|gb|DT021409.1|DT021409
EST:     GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|71874111|gb|DT023166.1|DT023166
EST:     GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|71872854|gb|DT021909.1|DT021909
EST:     GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|71869703|gb|DT018758.1|DT018758
EST:     GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|110378703|gb|EC943847.1|EC943847
EST:     CCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: CCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|110425890|gb|EC992285.1|EC992285
EST:     CCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: CCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|71872056|gb|DT021111.1|DT021111
EST:     GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
EST: gi|110377232|gb|EC942294.1|EC942294
EST:     GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGAT                         AAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT
genomic: GCATTTGTGGATAACTTTAATGCCCTCAATCTTCCCCTAAACCTTTTGATgtgatctctc ... taattttcagAAACAATGCGGGTATTATGTTTTGCCCCTTCCAACTTTCACAAGATGGGAT