Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgtttctatgatttttctttcttccttctgttgttttctggtgtttgggattttttttgatgttggattttggttgttgcggggtttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g00410.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34545358|gb|CF513590.1|CF513590
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|87584053|gb|DY473356.1|DY473356
EST:     GACCGTCATTCGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATT-GGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110712939|gb|EE088423.1|EE088423
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351026032|gb|FQ428044.1|FQ428044
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351016637|gb|FQ424064.1|FQ424064
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110689940|gb|EE066605.1|EE066605
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|161710249|gb|FC058959.1|FC058959
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110405352|gb|EC970893.1|EC970893
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110719773|gb|EE095192.1|EE095192
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|37185131|gb|CF604484.1|CF604484
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110720841|gb|EE097126.1|EE097126
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|34545280|gb|CF513512.1|CF513512
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|161715533|gb|FC069462.1|FC069462
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|349829839|gb|FQ422152.1|FQ422152
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATATTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351012831|gb|FQ430394.1|FQ430394
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110428341|gb|EC994810.1|EC994810
EST:     ATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: ATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110702145|gb|EE080525.1|EE080525
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|71880094|gb|DT029149.1|DT029149
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351017561|gb|FQ435914.1|FQ435914
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|34543966|gb|CF512198.1|CF512198
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|71880613|gb|DT029668.1|DT029668
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110720821|gb|EE097078.1|EE097078
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110718292|gb|EE094957.1|EE094957
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351033938|gb|FQ462993.1|FQ462993
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110727594|gb|EE104529.1|EE104529
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|294963862|gb|GW836737.1|GW836737
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110707900|gb|EE084829.1|EE084829
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351023141|gb|FQ432524.1|FQ432524
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|349823527|gb|FQ414937.1|FQ414937
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|71879184|gb|DT028239.1|DT028239
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|161719434|gb|FC067375.1|FC067375
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351029065|gb|FQ435265.1|FQ435265
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|161712773|gb|FC061997.1|FC061997
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGATAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110428899|gb|EC995383.1|EC995383
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|37184434|gb|CF603788.1|CF603788
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110713723|gb|EE089893.1|EE089893
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|110686023|gb|EE063265.1|EE063265
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|30253109|gb|CB970660.1|CB970660
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
EST: gi|351021754|gb|FQ437139.1|FQ437139
EST:     GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTG                         GGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA
genomic: GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgttt ... cggggtttagGGAGTAGAGAAGCTTATAGCGTCCAAGATGATGTTGCCGGGTTCCAATAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACTGTCATTGGGATTAAATGCAAAGATGGGATTGTCTTGgtgagtgtttctatgatttttctttcttccttctgttgttttctggtgtttgggattttttttgatgttggattttggttgttgcggggtttag

- - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - -  AAGATG